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英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

導(dǎo)語:依托首個AI新藥分子,英矽智能已成為AI制藥新勢力中的佼佼者。

如果對AI制藥新勢力的技術(shù)實力進行評比,英矽智能絕對可以稱得上其中的佼佼者。

今年2月,英矽智能用18個月、投入僅260萬美元,就通過新藥靶點發(fā)現(xiàn)平臺 PandaOmics 和AI分子生成和設(shè)計平臺Chemistry42平臺,研發(fā)出特發(fā)性肺纖維化(IPF)疾病新靶點。

以及全球首例完全由AI驅(qū)動發(fā)現(xiàn)的藥物分子,一舉成為AI制藥全球范圍內(nèi)的一個標(biāo)志性里程碑事件。

對外合作上,英矽智能也相繼拿下多個大藥企訂單,包括默克、輝瑞、勃林格殷格翰、安斯泰來、強生制藥子公司楊森制藥等。

近日,雷鋒網(wǎng)《醫(yī)健AI掘金志》以“AI制藥·下一個現(xiàn)象級賽道”為主題,邀請百圖生科、劑泰醫(yī)藥、未知君、望石智慧、英矽智能、星藥科技六家先鋒企業(yè),舉辦了一場線上云峰會。

作為此次活動的演講嘉賓,英矽智能首席科學(xué)官、藥物研發(fā)負責(zé)人任峰,就以《人工智能加速新藥研發(fā)》為題,對英矽智能的AI新藥平臺做了介紹。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

任峰表示,大家看到我們貌似很容易,就利用AI在短時間找出新靶點和藥物分子,但18個月研發(fā)背后是我們用7年時間對底層技術(shù)的默默研發(fā)。

在找出肺纖維化(IPF)藥物分子之前,英矽智能就根據(jù)新藥研發(fā)周期特點,用大量精力研發(fā)了三款人工智能軟件“ PandaOmics、Chemistry42和InClinico?!?/p>

這三個軟件,針對藥物研發(fā)靶點發(fā)現(xiàn)、藥物分子篩選和臨床試驗三個重要周期,可以分別提供:根據(jù)組學(xué)數(shù)據(jù)自動尋找新靶點;利用生成式對抗神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)生成新的分子化合物;為新靶點和新化合物提供臨床結(jié)果預(yù)測,三個重要輔助功能。

這次英矽智能拿出的肺纖維化(IPF)藥物分子成果,也正是在三個系統(tǒng)的前后配合之下,才得以快速完成。

以下是演講全部內(nèi)容,《醫(yī)健AI掘金志》做了不改變原意的整理和編輯:

首先感謝線上朋友和各位同仁,一起來討論人工智能對新藥研發(fā)的作用,以及AI新藥研發(fā)的未來前景。

我叫任峰,是Insilico Medicine(英矽智能)首席科學(xué)官,于今年2月份加入英矽智能,主要負責(zé)公司內(nèi)部產(chǎn)品管線以及對外合作。

加入英矽智能之前,我在上海美迪西任高級副總裁,負責(zé)生物和化學(xué)部兩個部門業(yè)務(wù)。

今天我想給大家分享的內(nèi)容是,用人工智能加速新藥研發(fā),也就是AI-accelerated Drug Discovery。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

眾所周知,新藥研發(fā)具有費用高、成功率低、耗時長的特點,也即是一高一低一長。

一個新藥平均下來,從開始研發(fā)到上市,大概需要10~15年時間,花費超過20億美金;成功率也非常低,從臨床一期到臨床三期大概10%左右。

這是所有新藥研發(fā)企業(yè)共同面臨的困境,突破困境就需要人工智能等其他輔助手段幫忙。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答 

新藥研發(fā)主要是分成三個部分:

第一靶點發(fā)現(xiàn),包括疾病假設(shè)以及靶點發(fā)現(xiàn)和驗證,以生物學(xué)和IRS為主;

第二臨床候選化合物確定以及臨床前研究,以化學(xué)為主;

第三是臨床研究。

傳統(tǒng)藥企里面,這三個部分都是由不同部門完成,或者由不同企業(yè)完成。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

英矽智能要做的就是通過人工智能技術(shù),把三個方面結(jié)合起來。

首先靶點發(fā)現(xiàn)方面,我們希望通過組學(xué)數(shù)據(jù)幫助找新靶點,在這里面,通過找到病人和健康人組學(xué)數(shù)據(jù)之間區(qū)別,找到新靶點。

同時,我們還會利用Text-based(文獻和專利)、Financial scores(包括政府支持的科研經(jīng)費),以及Key Opinion Leaders等數(shù)據(jù),對靶點進行評估,包括新穎性、成藥性和安全性。通過這種方式找到想做的靶點,以及新靶點。

找到靶點之后,通過小分子化合物生成系統(tǒng)來產(chǎn)生新化合物,然后可以把化合物推進至臨床研究。

這部分也有人工智能系統(tǒng)來幫助預(yù)測臨床實驗成功和失敗,最主要還是優(yōu)化臨床實驗方案。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答 

Insilico Medicine也就是通過人工智能把靶點發(fā)現(xiàn),化后生成,臨床實驗三個方面結(jié)合起來。

首先,先用一個案例跟大家分享如何把這三方面結(jié)合。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

這是我們的特發(fā)性肺纖維化項目,是今年2月份對外做了里程碑式進展發(fā)布。這個項目成功實現(xiàn)利用AI完成從早期靶點發(fā)現(xiàn),到臨床候選化合物發(fā)現(xiàn)工作。

特發(fā)性肺纖維化長期被定義為一個罕見病,也即是rare disease,雖然是罕見病,但全球病人有71萬多人,是非常龐大的病人數(shù)量,僅亞洲就有30多萬。

這種疾病如果得不到很好的治療,確診后平均壽命也就4年左右,非常致命。

針對該病的治療,目前市場上批準(zhǔn)藥有兩款:吡非尼酮和尼達尼布,這兩款藥在2019年總銷售額在30億美金左右,是一個非常龐大的市場。

但兩款藥有一個共同問題,就是安全窗口非常小,用藥過程經(jīng)常伴隨嚴(yán)重副作用。

基于這種情況,大概10%~40%病人由于無法耐受這種副作用,以至于半途停藥,或者病人耐受劑量范圍之內(nèi)沒有藥效,所以這是一個未滿足的臨床需求。

所以 在這種情況下,我們希望通過前期靶點發(fā)現(xiàn)人工智能和化合物生成平臺,來找到全新機制治療特發(fā)性肺纖維化藥物。

靶點發(fā)現(xiàn)主要是通過組學(xué)數(shù)據(jù),利用纖維化病人組學(xué)數(shù)據(jù)和健康人組學(xué)數(shù)據(jù)進行對比,找到兩者之間顯著差異,同時用iPANDA技術(shù),在信號通路上找到能夠影響這些信號通路的組學(xué)數(shù)據(jù),進而找到新靶點。

整個過程我們共發(fā)現(xiàn)了20多個靶點,隨后對其進行優(yōu)先級排序,如果靶點是一種激酶或者GPCR,那么它的成藥性就會比蛋白-蛋白之間相互作用好很多;

在優(yōu)先級排序中,主要從靶點安全性和未來價值進行篩選,一方需要看有沒有靶點敲除數(shù)據(jù),被敲除之后,會不會導(dǎo)致非常嚴(yán)重的毒副作用,另一方面,還需要看靶點晶體結(jié)構(gòu)是不是已經(jīng)報道出來。

通過這一系列流程之后,我們找到了治療特發(fā)性肺纖維化表現(xiàn)效果最好的一個全新靶點。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

找到靶點之后,我們又利用Chemistry42平臺(另一款人工智能軟件,主要作用是小分子化后生成)來生成和篩選小分子化合物。

通過這個平臺大概合成了80種化合物,其中13個化合物活性小于10nM,絕大多數(shù)(35個)活性在10~10nM,有15個活性在100~1000nM,還有十多個化合物沒有活性。

最終,我們選擇出055化合物,它的活性雖并不是最高,但總體最好,我們在其中主要關(guān)注成藥性和活性。

隨后,我們就把055化合物用到小鼠肺纖維化模型上,進行實驗驗證,結(jié)果效果是不錯的,可以在低劑量下達到同樣的治療效果。

我們又進一步用肺纖維化病人細胞來進行兩個實驗,首先是肺纖維化病人細胞體外實驗,從纖維化細胞到肌纖維化細胞之間轉(zhuǎn)化,看到化合物比尼達尼布活性高5倍左右。

另外是EMT實驗,從上皮細胞到間質(zhì)細胞轉(zhuǎn)換,活性同樣比尼達尼布高十幾倍左右。

FMT和EMT這兩個過程是特發(fā)性肺纖維化發(fā)病比較明顯的病理特征,最終證明在肺纖維化病人外細胞上,055比尼達尼具有更強活性,這跟前面的動物實驗結(jié)果互為印證。

14天DRF實驗結(jié)果也表明,安全窗口大概是尼達尼的60倍左右,現(xiàn)在這個化合物還在做臨床研究,估計今年年底或明年初能就能進入臨床實驗。

總結(jié)一下,這個項目總共花了18個月時間,費用是270萬美金,傳統(tǒng)靶點藥物研發(fā)一般需要4年半時間,我們只用了一年半,費用也大大降低。

這個案例證明人工智能可以在新藥研發(fā),尤其是原創(chuàng)性新藥研發(fā)工作中可以大大縮短研發(fā)時間、降低研發(fā)成本,提高研發(fā)效率。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

我再介紹一下Insilico Medicine,我們現(xiàn)在全球有130多位員工,80多位人工智能科學(xué)家;主要強項在靶點發(fā)現(xiàn)以及小分子化合物生成;

目前為止,在全球雜志或?qū)@习l(fā)表100多篇文章或?qū)@?/p>

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

像剛才的介紹,大家看到好像很容易就找出新靶點和藥物分子,但這背后我們歷時7年,在藥物研發(fā)三個方面,分別開發(fā)了三個人工智能軟件:

第一、PandaOmics,利用組學(xué)數(shù)據(jù)幫助尋找新靶點;

第二、Chemistry42,利用生成式對抗神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)來進行深度學(xué)習(xí),幫助生成新小分子化合物;

第三、InClinico,進行臨床實驗結(jié)果預(yù)測,同時幫助更好設(shè)計臨床實驗方案。

首先介紹第一個方案PandaOmics,它的主要流程,首先是在里面選擇感興趣的數(shù)據(jù)庫,包括TCGA、GEO、ArrayExpress等等。

之后在數(shù)據(jù)里做一些Correlations,也就是找到關(guān)聯(lián),發(fā)現(xiàn)數(shù)據(jù)之間區(qū)別,它們的差異表達以及功能分析,以此來發(fā)現(xiàn)新靶標(biāo)蛋白,找到新靶點。

第二個方案Chemistry42,這個軟件主要幫助生成小分子化合物。主要包括兩個模型,一個是 Structure-based(基于結(jié)構(gòu)),另外一個是ligand-basis(基于配體)。

把想要設(shè)計化合物的蛋白(例如晶體結(jié)構(gòu)或者小分子結(jié)構(gòu)等)輸?shù)紺hemistry42系統(tǒng)里,大概需要2~3天時間,就可以產(chǎn)生針對這些蛋白的小分子化合物,數(shù)量大概是幾百個到幾千個之間,然后通過virtual screening排序,挑選效果好的進行合成。

所以,Chemistry42系統(tǒng)最大特點就是能針對所給出的靶點,從無到有產(chǎn)生小分子化合物庫,而且命中率非常高。

基于這些AI制藥工具,我們不僅自己內(nèi)部開發(fā)管線,同時也將AI作為工具和藥企或科研院校合作,幫助他們進行新藥研發(fā),例如Pfizer、Janssen、Merck等,大體可分為六點:

第一,幫助尋找新靶點,主要使用PandaOmics的能力。

第二,用PandaOmics幫助做再利用,例如根據(jù)已知靶點,找到最好的indication;

第三,用Chemistry42做Fast follow(快速跟隨),也就是破專利項目,這其實非常容易;

第四,用Chemistry42幫助產(chǎn)生和選擇化合物,例如激酶選擇性,或者針對特殊突變,來對抗resistance靶點,這有可能成為best-in-class(同類最優(yōu))或first-in-class(同類第一)的項目;

第五,Chemistry42還可以針對全新靶點,從無到有生成hits(具有活性的藥品分子),同時也可以針對undruggable(無成藥性)或challenging target的目標(biāo),來生成hits;

第六,通過人工智能系統(tǒng)幫助更好設(shè)計PROTAC分子;

演講最后我分享一下人工智能對 Farce Follow Program的影響。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

這是2018年到2019年我們做的一個項目,靶點是DDR1的kinase(激酶)靶點,是一個全新結(jié)構(gòu)骨架化合物。

拿到這個任務(wù)之后,我們首先建數(shù)據(jù)庫,用了7天時間找到跟靶點相關(guān)或無關(guān)的kinase數(shù)據(jù)庫。

然后針對這些數(shù)據(jù)庫,用12天時間進行深度學(xué)習(xí),對模型建模和深度學(xué)習(xí),產(chǎn)生3萬個左右化合物。

又用兩天時間對這些化合物進行排序,最后縮小40個化合物范圍,然后從里面選擇6個化合物進行合成,其中有兩個活性在10-100nM之間,兩個活性在100-1000nM之間,另外兩個沒有活性。

最終選出了最好化合物1,這是一個全新骨架,我們把它拿去做DMPK,最終證明其具有很好的PK性質(zhì)。

英矽智能首席科學(xué)官任峰:18個月找出新藥分子的最全細節(jié)回顧丨附18個現(xiàn)場問答

從拿到靶點,到找到最合適化合物,完成合成測試,我們這個試驗性項目總共用了46天時間,結(jié)果發(fā)表在2019年Nature Biotechnology上,進一步證明人工智能可以大大縮減研發(fā)周期。

而且,我們也一致認為人工智能需要跟整個藥物研發(fā)團隊結(jié)合起來才能更有效找到化合物。

在線問答

Q1:靶點發(fā)現(xiàn)的AI貢獻是什么?

任峰:在靶點發(fā)現(xiàn)階段,AI主要貢獻首先是縮短研究時間,用組學(xué)數(shù)據(jù)比較正常人和病人之間差異,幫助找到新靶點,同時分析這些差異組學(xué)在不同信號通路的影響,相較于傳統(tǒng)方式這大大縮短了時間。

另外我們在藥篩選中還引入了時間機器學(xué)習(xí)模型。

這個模型建好之后,可以用2010年之前組學(xué)數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn)或?qū)ふ裔槍δ承┘膊☆I(lǐng)域的靶點,因為這些靶點在十年間就已經(jīng)被臨床驗證,系統(tǒng)可以尋找到靶點通過與現(xiàn)實結(jié)果比對,來驗證系統(tǒng)結(jié)果真實可靠性,并把這些驗證結(jié)果再反饋給Panda Omics系統(tǒng),進行下一輪機械學(xué)習(xí)。

經(jīng)過幾輪學(xué)習(xí)過程之后,就可以讓它用2010年到2020年之間預(yù)測靶點驗證算法,增加系統(tǒng)靶點預(yù)測準(zhǔn)確率。

Q2:你們與傳統(tǒng)利用生物信息學(xué)分析多組學(xué)數(shù)據(jù)+文獻挖掘相比特別之處在哪里?

任峰:特別之處就是用了一個時間機器學(xué)習(xí)模型,有training過程,傳統(tǒng)方式?jīng)]有training過程,這可能是它們之間最大區(qū)別。

Q3:找出靶點是針對IPF的新靶點,還是完全沒人做過靶點(針對所有適應(yīng)癥)?

任峰:我們找到的靶點是針對IPF的新靶點,是包括臨床和臨床前都沒有人做過的。

這個靶點,我們不能說沒有任何人做,做的人非常少,全球目前只有一家小公司在做這樣一個靶點,他們針對的是另外一種適應(yīng)癥,現(xiàn)在還沒有應(yīng)用在臨床。

Q4:請教AI公司和CDMO公司是如何合作的?

任峰:目前很多算法或重點都不是和CDMO公司合作,主要還是集中于前期Drug Discover階段,對Development沒有特別涉及。

可能有的AI公司設(shè)計化合物合成路線,或者針對工廠自動化可以跟CDMO公司進行深入合作。

Q5:請問有比較好加速binding affinity預(yù)測的方法嗎?

任峰:Chemistry42系統(tǒng),并不能告訴哪些化合物binding affinity比另一些化合物要好,只能幫助產(chǎn)生一些小分子化合物可能binding在蛋白上。

我們也是用像薛定諤binding affinity預(yù)測或者優(yōu)先級排序方式,目前據(jù)我所知,用薛定諤預(yù)測binding affinity應(yīng)該已經(jīng)是比較好的。

Q6:AI用于藥物研發(fā)的商業(yè)化前景如何呢?例如幾年前很多企業(yè)做肺小結(jié)節(jié)的AI診斷,競爭堪稱紅海,而醫(yī)院付費意愿不強烈。對比當(dāng)下,現(xiàn)在做AI制藥的公司也非常多,是否會出現(xiàn)類似的結(jié)果:很多AI公司希望與大藥企合作/license-out,大藥企付費意愿并不強烈?

任峰:用AI來做藥物研發(fā)商業(yè)化前景非常廣闊,而且大藥企是愿意付錢的,原因基于以下兩點:

第一、大藥企面臨共同問題,研發(fā)效率低、研發(fā)成本高、研發(fā)周期長、失敗率高這樣的問題,藥企希望能有顛覆性技術(shù)來改變現(xiàn)狀;

第二、人工智能目前經(jīng)過一些實例,已經(jīng)證明確實對解決新藥研發(fā)的問題,可以提供顛覆性解決方案能力。

所以基于這兩點來說,大藥企是愿意付錢的。而且最近就有一篇報道,有藥企與AI公司簽訂開發(fā)藥物協(xié)議,總金額達12億美金左右,同時首付金額也非常高,達到幾千萬美金,這也證明大藥企愿意把這些錢投入到AI輔助藥物研發(fā)上。

Q7:AI制藥公司的數(shù)據(jù)從哪里得來呢?

任峰:目前的AI公司大多是小公司,這些公司絕大多數(shù)都是基于公開數(shù)據(jù)。

接下里,AI公司的競爭則就靠從這個published數(shù)據(jù)發(fā)展而來的私有數(shù)據(jù),所以現(xiàn)在有實力的AI公司都在建立自己的數(shù)據(jù)采集系統(tǒng)。

Q8:AI藥物研發(fā)公司建立了自研管線,和潛在合作藥企可能存在利益沖突,這塊是否有什么考慮?

任峰:每一家AI公司都是兩條腿走路,一個是有自研管線,另一方面是跟一些藥企合作,共同開發(fā)一些項目。

因為自研管線是通過自己的項目來驗證或優(yōu)化人工智能平臺,所以并沒有利益沖突。而其這些合作很多都是具有排他性的,自研管線和其他藥企合作是有排它性,不同藥企之間合作也有排它性。

Q9:AI新藥挖掘從苗頭到PCC的各個點的化合物數(shù)據(jù)庫是哪里來的?

任峰:這需要分成兩個情況:

第一,如果是針對 Fast follow(快跟),那么數(shù)據(jù)采集都是從文獻和專利上扒下來進行深度學(xué)習(xí),對系統(tǒng)進行培訓(xùn)得來;

第二,如果是全新靶點,就像我們的IPF,就不需要已知數(shù)據(jù),針對靶點的數(shù)據(jù),人工智能系統(tǒng)可以通過其他項目的蛋白和小分子結(jié)合案例培訓(xùn),然后它就可以自己設(shè)計某個蛋白,不需要針對靶點進行培訓(xùn)。

Q10:分子生成庫是否基于已有活性化合物結(jié)構(gòu),有哪些規(guī)則?

任峰:我們的Chemistry42分子生成庫不是針對某一個或某一類靶點,而是針對所有的。

根據(jù)人工智能系統(tǒng),利用已知小分子和蛋白結(jié)合結(jié)合形狀和樣式進行培訓(xùn),讓小分子(或片段)能識別蛋白里一些結(jié)合口袋。

把這些片段識別出來之后,再通過算法,把這些片段慢慢結(jié)合成真正的小分子化合物,這是它的主要邏輯。

Q11:想請問AI企業(yè)與研發(fā)組織合作,對研發(fā)組織自身的數(shù)據(jù)有沒有什么要求?例如數(shù)據(jù)格式、數(shù)據(jù)類型、數(shù)據(jù)質(zhì)量。

任峰:這個是有要求的,AI企業(yè)跟研發(fā)組織合作,如果他們想根據(jù)自己數(shù)據(jù)用AI企業(yè)人工智能系統(tǒng),尋找靶點或發(fā)現(xiàn)化合物,就需要按照我們要求的格式錄入到系統(tǒng)當(dāng)中去。

而且,我們對數(shù)據(jù)組的質(zhì)量要求也非常高,因為高質(zhì)量數(shù)據(jù)才能產(chǎn)生高質(zhì)量結(jié)果。

數(shù)據(jù)類型可能每個公司系統(tǒng)都不太一樣,例如我們的PandaOmics,就需要有組學(xué)數(shù)據(jù),尤其是人組學(xué)數(shù)據(jù),這樣才更適合找新靶點。

Q12:據(jù)我了解,數(shù)據(jù)庫來自文獻,那數(shù)據(jù)可靠度怎么解決的,而且不同方法測得數(shù)值不一樣?

任峰:這是非常好的問題,也是可能所有人工智能公司所面臨的問題。

每個公司策略可能不同,例如我們的PandaOmics主要是用組學(xué)數(shù)據(jù),而且組學(xué)數(shù)據(jù)是細分的,最好是在同一個實驗室里產(chǎn)生的祖學(xué)數(shù)據(jù)。

我們不會把所有組學(xué)數(shù)據(jù)累計在一起找新靶點,這樣就可以避免實驗方法不一致造成的困惑。

另外對于化合物,我們Chemistry42生成的小分子,它主要是基于晶體結(jié)構(gòu),所以晶體結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)基本上都是比較可靠的,此外我們也會挑比較好的晶體結(jié)構(gòu)來給系統(tǒng)進行training。

Q13:國內(nèi)外藥企的情況也不一樣,國內(nèi)做fast-follow、me-too、me-better的可能比較多,可以介紹Insilico在中國的商業(yè)化情況嗎?

任峰:Insilico今年才開始在中國商業(yè)化,以前在中國沒有團隊,知名度也比較低。

我們從今年開始在中國做一些商業(yè)化合作,國內(nèi)確實做 fast-follow、me-too比較多,我們的Chemistry42,針對fast-follow也有非常好的經(jīng)驗,它可以小分子化合物選項里,選擇跟已知某一個小分子化合物結(jié)構(gòu)similarity,如果similarity做達到80-90%,

它產(chǎn)生的小分子化合物就跟設(shè)定的小分子化合物結(jié)構(gòu)非常類似,同時它有自己的專利空間。所以我們的Chemistry42對于fast-follow是非常高效的,目前也有幾個例子可以證明。

Q14:我想問下如果設(shè)計的分子是真正全新的母核、側(cè)鏈,是否會因為與數(shù)據(jù)庫所有分子指紋匹配度不高導(dǎo)致預(yù)測準(zhǔn)確性會下降?

任峰:這是正常的。我們的Chemistry42里面可以選擇跟已知母核similarity很高的結(jié)果,例如80-90%;同時也可以選擇similarity非常低,例如30-40%。這樣涉及到的分子結(jié)構(gòu)是完全不一樣。

從理論上來講,越相似分子活性可能性越大,而且保持好性質(zhì)的可能性就越大,反之,活性就會低一些,而且有可能完全改變其他性質(zhì),

但這些分子會因為是全新組合,跟已知化合物相似度非常小,那么它的專利空間就非常大,所以就需要做一個平衡。

Q15:大分子藥物方面有什么AI的策略或者案例嗎?

任峰:我們Insilicon Medicine目前不涉及大分子,但我們認為人工智能系統(tǒng)在大分子領(lǐng)域?qū)⒂蟹浅:玫膽?yīng)用前景。

由于我們團隊沒有大分子方面人才,所以目前不知道大分子設(shè)計的痛點,我們也沒有大分子業(yè)務(wù)。

Q16:如果靶點蛋白沒有復(fù)合物怎么辦,如何預(yù)測呢?用同源蛋白建模是好的解決方法嗎?

任峰:是的,如果靶點蛋白沒有復(fù)合物,我們的方式就是去找同源性比較高的蛋白,來代替靶向蛋白,放到Chemistry42里面,這樣也可以產(chǎn)生相應(yīng)小分子化合物。

Q17:臨床數(shù)據(jù)來源于醫(yī)院嗎?

任峰:是的,臨床數(shù)據(jù)最初肯定來源醫(yī)院,但也有一些公開臨床數(shù)據(jù),經(jīng)過我們整理之后放到系統(tǒng)里;

同時我們以前也跟一些其他國家,例如和英國政府合作做臨床數(shù)據(jù)分析,所以也有一些自有數(shù)據(jù)。

Q18:三個平臺對外開放嗎?如何收費?

任峰:我們只有PandaOmics對外開放,它是通過組學(xué)數(shù)據(jù)幫助找新靶點,我們已經(jīng)將其部署在云端。

其他兩個還沒有完成這樣部署,所以暫時還不能開放,我們今年有可能會把Chemistry42也部署到云端。

目前PandaOmics是收取一定的授權(quán)費。

再次感謝今天來參加線上會議,然后非常高興有這么多志同道合的朋友對AI感興趣,AI以后會有可能發(fā)展成一種顛覆性技術(shù)來幫助新藥研發(fā)。我們也堅持相信AI只有跟新藥研發(fā)團隊結(jié)合在一起,才能實現(xiàn)最大價值。雷鋒網(wǎng)雷鋒網(wǎng)

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