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本文作者: 老王 | 2018-09-09 19:56 |
本文來(lái)自微信公眾號(hào)“老顧談幾何”,作者顧險(xiǎn)峰教授,雷鋒網(wǎng)經(jīng)顧險(xiǎn)峰授權(quán)轉(zhuǎn)載。
顧險(xiǎn)峰教授,美國(guó)紐約州立大學(xué)石溪分校計(jì)算機(jī)系和應(yīng)用數(shù)學(xué)系的終身教授,也是清華大學(xué)丘成桐數(shù)學(xué)科學(xué)中心訪問(wèn)教授。曾獲美國(guó)國(guó)家自然科學(xué)基金CAREER獎(jiǎng),中國(guó)國(guó)家自然科學(xué)基金海外杰出青年獎(jiǎng)(與胡事民教授合作),“華人菲爾茨獎(jiǎng)”:晨興應(yīng)用數(shù)學(xué)金獎(jiǎng)。
丘成桐先生和顧險(xiǎn)峰博士團(tuán)隊(duì),將微分幾何,代數(shù)拓?fù)?,黎曼面理論,偏微分方程與計(jì)算機(jī)科學(xué)相結(jié)合,創(chuàng)立跨領(lǐng)域?qū)W科“計(jì)算共形幾何”,并廣泛應(yīng)用于計(jì)算機(jī)圖形學(xué),計(jì)算機(jī)視覺(jué),幾何建模,無(wú)線傳感器網(wǎng)絡(luò),醫(yī)學(xué)圖像等領(lǐng)域。目前已經(jīng)發(fā)表二百篇余篇國(guó)際論文,學(xué)術(shù)專著包括“Computational Conformal Geometry”(計(jì)算共形幾何), “Ricci Flow for Surface Registration and Shape Analysis”等。
以下是顧險(xiǎn)峰教授著作的原文:
紐約長(zhǎng)島有著得天獨(dú)厚的自然條件,這里氣候溫潤(rùn),海岸線漫長(zhǎng)。美麗的石溪大學(xué)坐落在長(zhǎng)島中部,坐擁一片私人海灘。這片海灘不為人知,空曠寂寥,深沉靜謐。學(xué)校師生經(jīng)常來(lái)這里沐浴海風(fēng),遠(yuǎn)眺大洋,特別在黃昏時(shí)分,在落日余暉中參省冥思,體悟自然真理。
1970年代初期,年輕的化學(xué)系助理教授Paul Lauterbur博士經(jīng)常帶著他的女兒來(lái)這里散步思考。有一天,三歲的小女孩在岸邊撿到了一只微小的黑色蛤蜊,Paul為這只蛤蜊拍攝了人類歷史上第一張活體斷層圖像。很可惜,短視的石溪大學(xué)拒絕為Paul的發(fā)明申請(qǐng)專利,專家們一致認(rèn)為“這項(xiàng)發(fā)明可能帶來(lái)的轉(zhuǎn)讓費(fèi)不會(huì)彌補(bǔ)專利申請(qǐng)費(fèi)?!弊罱K,石溪失去了Lauterbur博士,也失去了經(jīng)濟(jì)上騰飛的一次機(jī)遇。歷史是公正的,因?yàn)榘l(fā)明了核磁共振斷層掃描技術(shù),Paul Lauterbur博士于2003年獲得諾貝爾醫(yī)學(xué)獎(jiǎng)。
數(shù)十年來(lái),核磁共振技術(shù)和CT斷層掃描技術(shù)徹底地革命了醫(yī)學(xué),醫(yī)學(xué)影像技術(shù)使得醫(yī)生可以直接看到病人體內(nèi),從而精準(zhǔn)地進(jìn)行診斷,制定治療方案,檢驗(yàn)治療效果。很多病變都會(huì)誘發(fā)器官組織的變形,或者由器官變形所誘發(fā),例如大腦皮層的萎縮退化誘導(dǎo)老年失智,各種腫瘤會(huì)在器官表面形成凸起,骨質(zhì)流失會(huì)引起骨骼的變形。因此,醫(yī)生可以通過(guò)精確比對(duì)器官的幾何形狀,來(lái)判斷臟器是否反常;通過(guò)分析腫瘤的幾何特征,來(lái)判斷腫瘤的良性惡性。這些可以歸結(jié)為醫(yī)學(xué)影像的配準(zhǔn)(registration)和分析(analysis)問(wèn)題。
醫(yī)學(xué)影像是一個(gè)非常龐大的學(xué)科,有種類繁多的計(jì)算方法。圖像配準(zhǔn)的方法也是異常豐富,理論嚴(yán)謹(jǐn),富有實(shí)效。從基礎(chǔ)的方法論角度而言,比較普適的主要有基于微分幾何的方法,基于流體力學(xué)的方法和基于概率測(cè)度理論的方法。雖然,這些途徑中問(wèn)題提法、數(shù)學(xué)工具、計(jì)算機(jī)算法非常不同,但是最終都可以歸結(jié)為幾何偏微分方程,進(jìn)而轉(zhuǎn)換為變分優(yōu)化問(wèn)題。這三種方法各有優(yōu)缺點(diǎn),相輔相成,都有很大的實(shí)用價(jià)值。每種方法都在迅猛發(fā)展,分支眾多。下面,我們簡(jiǎn)略討論這三種方法的核心思想和最簡(jiǎn)單的算法。每一種方法深入下去,都是一片浩瀚的海洋。
首先,我們從醫(yī)學(xué)圖像中提取我們感興趣的器官,表示成二維曲面或者三維實(shí)體。例如,我們希望研究大腦皮層曲面。首先得到整個(gè)顱部的核磁共振斷層掃描圖像;然后對(duì)每個(gè)斷層的圖像進(jìn)行分割(segmentation),將不同的組織進(jìn)行區(qū)分,將骨骼、腦灰質(zhì)、腦白質(zhì)分開(kāi);其次,提取我們感興趣的組織輪廓(contour),主要是腦灰質(zhì);然后將每個(gè)斷層圖像中的輪廓線摞在一起,組合成封閉曲面。當(dāng)然,實(shí)際算法遠(yuǎn)比理想描述復(fù)雜得多,每一步都會(huì)引入大量的幾何、拓?fù)湔`差,需要精細(xì)而嚴(yán)密的方法以提高穩(wěn)定性和精度。
圖1. 從醫(yī)學(xué)圖像中重建的大腦皮層曲面(王雅琳)
例如,我們比較同一個(gè)人不同時(shí)期掃描得到的大腦皮層曲面,來(lái)定量分析大腦萎縮情況。從根本層面上而言,我們希望將第一個(gè)大腦皮層上的每一個(gè)細(xì)胞映到第二個(gè)大腦皮層上相同的細(xì)胞位置。當(dāng)然,在目前技術(shù)現(xiàn)實(shí)中,這是無(wú)法真正做到的,我們可以通過(guò)設(shè)計(jì)各種能量,加上一些限制條件來(lái)逼近理想情形。大腦皮層上面有解剖學(xué)特征,例如溝回皺褶,我們要求微分同胚將主要的溝回映射到相應(yīng)的溝回上面。同時(shí),我們要求曲面映射的幾何畸變最小。如果我們假設(shè)大腦皮層曲面是具有彈性的,那么我們要求映射帶來(lái)的彈性形變勢(shì)能最小。彈性勢(shì)能一般用調(diào)和能量來(lái)表述。根據(jù)不同的醫(yī)學(xué)應(yīng)用,我們可以設(shè)計(jì)不同的能量。假設(shè)我們已經(jīng)得到同一器官的不同曲面,或者兩個(gè)三維實(shí)體,注冊(cè)問(wèn)題的微分幾何提法如下:
從理論層面來(lái)講,我們需要明確知曉這一問(wèn)題解的存在性、唯一性、穩(wěn)定性和正則性。從算法角度而言,我們需要求出能量的一階變分和二階變分。理論上的困難有很多,通常情況下,我們考慮的泛函空間-流形間的微分同胚空間本身并沒(méi)有緊性,即便我們找到了能量極小化序列,其極限不見(jiàn)得是微分同胚,因此解的存在性證明比較困難;如果能量沒(méi)有凸性,我們很難保證解的唯一性,能量的凸性很多時(shí)候依賴于流形本身的幾何特性,例如高斯曲率;各種直觀的幾何限制條件,例如特征點(diǎn)的對(duì)應(yīng),很難轉(zhuǎn)換成解析形式,往往用偏微分方程來(lái)表述,或者用變分的局部線性逼近來(lái)顯示表達(dá)。算法角度的困難也很多,計(jì)算機(jī)所能處理的計(jì)算都是離散的,如何將微積分表述的概念來(lái)離散逼近,如何加速收斂,如何用單純復(fù)形的組合結(jié)構(gòu)(離散多面體)來(lái)描述流形結(jié)構(gòu),如何尋找適合數(shù)值偏微分方程的三角剖分或者樣條表示,這些問(wèn)題也都具有本質(zhì)困難。
基于微分幾何的注冊(cè)方法也有多種,比較常用的是基于共形幾何(conformal geometry)的內(nèi)蘊(yùn)方法,這種方法只依賴曲面的黎曼度量,不需要曲面的嵌入。
如圖2所示,其核心方法如下:
圖2. 基于共形幾何的曲面配準(zhǔn)方法
圖3. 曲面單值化
第二步,我們首先將標(biāo)準(zhǔn)空間的自同胚用擬共形映射(quasi-conformal map)來(lái)表述。所有的K-擬共形映射構(gòu)成的空間具有緊性,可以保證解的存在性。每個(gè)自映射可以用Beltrami微分來(lái)表示,因此我們?cè)贐eltrami微分空間中對(duì)相應(yīng)能量進(jìn)行變分,構(gòu)造能量極小序列,從而求得極限。這里問(wèn)題的關(guān)鍵在于如何將限制條件用Beltrami微分來(lái)表示,和如何求得歐拉-拉格朗日方程。如果我們要求解是同胚,則Beltrami 微分的模小于1,如果我們要求解保持共形結(jié)構(gòu),則Beltrami微分和源曲面上的全純二次微分作用為0,等等。很多時(shí)候,解的唯一性和正則性依賴于目標(biāo)曲面上的高斯曲率。例如,曲面間度為1的調(diào)和映射,如果目標(biāo)曲面上的高斯曲率處處為負(fù),則必為微分同胚。再如,曲面間映射的任意同倫類中存在唯一的Teichmuller映射,使得曲面共形結(jié)構(gòu)畸變最小。調(diào)和映照和Teichmuller映射在醫(yī)學(xué)圖像配準(zhǔn)問(wèn)題中被經(jīng)常使用。在求解這些映射過(guò)程中,曲面的拓?fù)?、黎曼度量和共形結(jié)構(gòu)經(jīng)常被靈活變化,從而達(dá)到最優(yōu)的目的。
圖4. 腰椎骨質(zhì)流失測(cè)量,共形幾何方法(雷諾明)
大形變微分同胚度量映射(LDDMM)方法考慮空間中的流場(chǎng),每個(gè)粒子在空中流動(dòng),每一剎那的流場(chǎng)用粒子的速度向量場(chǎng)來(lái)描述。固定時(shí)刻,粒子從起始位置到達(dá)終點(diǎn)位置,這給出了空間到自身的微分同胚。
圖5.孕期嬰兒大腦皮層36周到43周的生長(zhǎng)情況(Laurent Risser, LDDMM 方法)
從根本層面上而言,CT圖像和MRI圖像反映的是人體內(nèi)部組織的密度。由此,我們可以將醫(yī)學(xué)圖像的灰度值看成是概率測(cè)度。兩個(gè)圖像之間的匹配應(yīng)該滿足如下條件:密度相近的點(diǎn)彼此對(duì)應(yīng),每個(gè)原像點(diǎn)和其像點(diǎn)的距離盡量接近。從這個(gè)角度出發(fā),人們提出了基于最優(yōu)傳輸理論(optimal transportation theory)的圖像匹配方法。
圖6. 大腦白質(zhì)圖像匹配(Allen Tannenbaum,最優(yōu)傳輸方法)
小結(jié)
這三類方法基于不同的物理和幾何的理解,所用的理論工具相距甚遠(yuǎn),風(fēng)格迥異,各有千秋。
基于微分幾何的方法有著強(qiáng)烈的幾何直觀,只用黎曼度量,不需要流形在歐氏空間的嵌入,洗練簡(jiǎn)潔,嚴(yán)密普適,計(jì)算效率較高。但是需要比較抽象的黎曼幾何概念,需要先從圖像中提取器官曲面?;诹鲌?chǎng)的方法直接靈活,適用于各種數(shù)據(jù)類型,但是需要流形的嵌入,形變過(guò)程中曲面不允許自交。同時(shí)為了二維曲面匹配,需要計(jì)算三維背景空間的自同胚,計(jì)算量較大。基于最優(yōu)傳輸?shù)姆椒骖櫸锢碇庇X(jué),可向高維直接推廣,但是所解方程高度非線性。另一方面,這幾種方法具有內(nèi)在的密切聯(lián)系:最優(yōu)傳輸?shù)拿扇?安培方程和微分幾何中的Alexandrov定理等價(jià);最優(yōu)傳輸存在流體力學(xué)的解釋??傊?,所有方法都是在微分同胚群中進(jìn)行優(yōu)化,問(wèn)題具有本質(zhì)的難度。
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