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微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

導語:醫(yī)療人工智能落地一要有豐富的數據資源,二要有足夠的耐心和誠意。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

雷鋒網按:2018 全球人工智能與機器人峰會(CCF-GAIR)在深圳召開,峰會由中國計算機學會(CCF)主辦,雷鋒網、香港中文大學(深圳)承辦,得到了寶安區(qū)政府的大力指導,是國內人工智能和機器人學術界、工業(yè)界及投資界三大領域的頂級交流盛會,旨在打造國內人工智能領域最具實力的跨界交流合作平臺。

CCF-GAIR 2018 延續(xù)前兩屆的“頂尖”陣容,提供1個主會場和11個專場(仿生機器人,機器人行業(yè)應用,計算機視覺,智能安全,金融科技,智能駕駛,NLP,AI+,AI芯片,IoT,投資人)的豐富平臺,意欲給三界參會者從產學研多個維度,呈現出更富前瞻性與落地性相結合的會議內容與現場體驗。

大會第二天的計算機視覺專場分為視頻監(jiān)控和醫(yī)療影像兩個半場,匯集了兩個領域的眾多大咖。下午的醫(yī)療影像半場,微軟亞洲研究院副院長張益肇博士發(fā)表了題為“弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索”的精彩演講。

張益肇博士援引一篇報道表示,2000年左右出生的人,超過一半壽命將超過100歲。這將加劇人口老齡化,增加醫(yī)療支出。如果沒有新的技術提高醫(yī)療效率、降低醫(yī)療成本,社會將難以承受。

過去兩年大火的人工智能技術起到了一定的幫助。但訓練人工智能模型需要標注大量的數據,能夠標注醫(yī)療影像數據的專家又非常稀缺,時間成本也很高。為此微軟亞洲研究院嘗試用弱監(jiān)督學習的方法,提高可被使用的數據量,取得了不錯的成效。

張院長表示,微軟亞洲研究院希望推動人工智能的普及化,但這一過程還需要與各方伙伴合作。他希望合作伙伴一要有豐富的數據資源,二要有足夠的耐心和誠意。因為用人工智能解決醫(yī)療問題在技術上可行,但真正落地到醫(yī)院卻是一個漫長的過程。

以下是張益肇院長的全部精彩演講內容,雷鋒網做了不改變原意的整理與編輯:

感謝主辦方提供機會,讓我介紹微軟在醫(yī)學影像領域的探索。

我今天的演講分為三部分:首先,介紹機器學習和人工智能在醫(yī)療領域的機會;其次,介紹我們過去使用的一個算法——弱監(jiān)督學習,以及它為什么在醫(yī)學影像領域特別有效;最后,介紹微軟在醫(yī)學影像領域的實踐案例,包括北京、印度和劍橋的同事做的一些案例。

希望今天能通過很短的時間給大家一個印象,讓大家了解微軟對醫(yī)療的看法,以及人工智能在醫(yī)療方面的應用。

人工智能在醫(yī)療領域的機遇

首先分享一個好消息。粗略統(tǒng)計,今天臺下聽眾本人是90后或孩子是90后的人占到了70-80%。我做醫(yī)學研究的時候曾看到這樣一篇報道說,按照醫(yī)學的發(fā)展速度,2000年左右出生的人,超過一半壽命將超過100歲。這將是一個非常了不起的成就,我非常期待。看到這個好消息,我非常振奮也很好奇,就去查閱了這篇文章背后的學術論文。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

我看到一篇2009年在英國《柳葉刀》雜志上發(fā)表的論文,它標題寫的是“未來的挑戰(zhàn)”。假如未來超過一半的人壽命超過100歲,對社會醫(yī)療系統(tǒng)將是非常大的挑戰(zhàn)?,F在人口老齡化已經非常嚴重,通常來說,人的年紀越大醫(yī)療成本就越高。假如超過一半人活過100歲,而我們又沒有更好的醫(yī)療方法,將給社會帶來很大的成本。我們剛開始做醫(yī)療研究時,美國每年大約有14%的GDP耗費在醫(yī)療上,現在這一占比已經上升到了18%,越來越高了。按這個趨勢發(fā)展下去,社會將無法承受。我們相信,解決這個問題一定要靠技術。如果沒有新的技術,就無法給大家提供好的醫(yī)療條件,讓大家健康快樂地活到100歲。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

我舉一個醫(yī)療領域的例子——病理切片的解讀,這在中國是一個特別大的挑戰(zhàn)。中國每10萬人口中只有不到兩位病理醫(yī)生,美國每10萬人中有超過50位病理醫(yī)生,日本每10萬人中也有超過10位病理醫(yī)生。也就是說,中國的病理醫(yī)生非常缺乏。我們再看病理醫(yī)生要做哪些工作:假如一個人不幸患了肺腫瘤,病理醫(yī)生要把他的切片切成二三十片,然后仔細觀察其中哪一類是病變的,是什么樣的病變,A、B、C類型病變的百分比各是多少。這個工作很耗時間,另外,訓練這樣的專業(yè)人才也很困難。假如我們可以用電腦輔助醫(yī)生做這些工作,是不是可以讓他們更加高效?

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

弱監(jiān)督學習

所以我們提出了機器學習,這就帶出了我的下一個話題——弱監(jiān)督學習。為什么要提弱監(jiān)督學習?面對一個病理切片,我們通常有三個目標——分類、切割或聚類。病理圖片通常很大,一張病理圖片可以達到5萬X5萬像素,甚至更大。訓練模型有三種方法:一是沒有標簽的訓練,這對病理圖片來說很難;二是弱標簽訓練,即利用相對簡單的標簽學習;三是帶詳細標簽的訓練,比如剛才提到的肺腫瘤的例子,你需要標注每一個腫瘤組織的情況。

下面給大家展示兩張圖片,看看人類是如何學習的。

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我給幾位醫(yī)生看過這兩張圖片,他們很快就發(fā)現了其中的差別:上面這張圖片中有兩種魚,除了橘色的小丑魚,還有一種黑白相間的魚;下面這樣圖片則只有小丑魚。使用弱監(jiān)督學習的時候,只要告訴系統(tǒng)這兩張圖片有差別,不需要說明差別在哪,讓他自己學習就好了。這樣一來,標注的工作就少了很多。

回到病理切片的例子,下面這張圖片中既有癌細胞又有正常細胞:上面的是癌細胞,下面的是正常細胞。就像前面講的,我們只需要提供這兩類圖片,無需勾畫所有癌細胞和正常細胞的邊界,系統(tǒng)就能學習。這樣的好處在于:中國的病理醫(yī)生很缺乏,讓他們標這些圖像的邊界是非常大的工作量而且也很難。現在只需要標出有沒有癌細胞,就相對容易多了。弱監(jiān)督學習的優(yōu)勢就在于在減少標注工作量的情況下,更充分、有效地利用數據。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

這種弱監(jiān)督學習的方法我們從2012年就開始使用了,當時還沒有深度學習。下面介紹一項新的研究成果——把弱監(jiān)督學習和深度學習結合在一起。大家如果感興趣,可以查閱我們去年11月發(fā)表的論文。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

這個方法的基本概念是訓練兩個分類器,上面是正常細胞,下面是有癌細胞。我們希望自動訓練分類器,讓它在像素級別告訴我們一個細胞到底是癌細胞還是正常細胞。我們統(tǒng)計出圖片中的細胞有癌還是無癌后,再把它放到下圖中的訓練方程式里。

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下面是一張比較完整的架構圖,我們不僅分了好幾層,還用到了Area Constraints。

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如果光用剛才講的分類的方法,不管一張圖片中有10%的面積是癌細胞,還是60%的面積是癌細胞,它訓練的評價模式是一樣的。所以它傾向于把越來越多的細胞當成癌細胞。我們想,能不能繼續(xù)減少標注量,同時還能得到更好的效果?于是我們加入了Area Constraints。醫(yī)生只需要估計里面到底有10%、20%還是30%的面積是癌細胞就可以了,而不用標出癌細胞在哪,這又減輕了工作量。我們讓兩位醫(yī)生標注,如果標注結果不統(tǒng)一,再請第三位醫(yī)生來看哪個標注結果是正確的。

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下圖中的數據庫是我們微軟亞洲研究院和浙大合作的,用一些大腸癌的圖片訓練,訓練數據約有600張,測試數據有兩百張左右。

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我們用這個方法實驗,來看一下結果。下圖中紅色標注的是弱監(jiān)督學習的結果,它的指標與人工判別的情況差不多,跟大量標注訓練的結果也差不多。我們希望通過這種方法,用更多數據來訓練——原來只有一兩百張,現在可以用幾千張——同時大幅降低數據標注的成本。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

下圖也展示了我們的成果:第二列是醫(yī)生標注的結果,最右邊一列是我們系統(tǒng)標出來的結果??梢园l(fā)現,只要有癌細胞的地方,系統(tǒng)基本都找出來了。這是我們2012年還沒有用深度學習時達到的效果,這五年里又取得了很多進步。

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下圖中我們改變了訓練的數據量,從20%-100%,數據越多,效果就越好。

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下圖是我們加入Area Constraints前后的對比。加入Area Constraints之前,系統(tǒng)把大部分細胞當成了癌細胞,加入之后它把所有正常細胞和癌細胞進行了區(qū)分。

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簡單總結一下:我們希望通過端到端的深度學習方法培育這個系統(tǒng),幫助在標簽有限的情況下,進行醫(yī)學影像的處理、分類和切割。這種方法除了前面提到的大腸癌,在很多其他領域也可以用到,比如肺癌、宮頸癌等。因為它們面對的是同樣的問題,有很多數據需要標注。如果能減少標注時間,就能利用更多的數據。

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合作案例

除此以外,我們微軟亞洲研究院在別的領域也做了一些研究,比如我們和比爾蓋茨基金會合作的瘧疾方面的應用。瘧疾現在仍是全球的一個大問題,每年有七八十萬人——相當于每天有近2000人死于瘧疾。大家或許感覺不到,因為瘧疾主要發(fā)生在欠發(fā)達地區(qū)。

比爾蓋茨基金會和一家廠商合作,開發(fā)了一款很小的設備,它可以自動掃描玻璃膜片,在窮鄉(xiāng)僻壤幫助診斷瘧疾。醫(yī)務人員只需要抽血做膜片就可以了,不必從膜片中找紅血球和瘧疾細菌侵入的樣本。這個系統(tǒng)可以自動掃描出有多少紅血球被瘧疾細菌侵入了,統(tǒng)計瘧疾細菌侵入的密度,密度越高表示病情越嚴重。長期治療中,我們可以用這種方法觀察密度的變化。如果膜片有很多層,系統(tǒng)還可以自動對焦,看哪個是最準的。

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下面列舉了一些案例。圖中紅色部分是被瘧疾侵入的細胞,用肉眼很難看出來。每天要看這么多膜片,統(tǒng)計被入侵紅血球的數量,是一項非常繁瑣的工作。這項工作需要專家來做,但在非洲和拉丁美洲的偏遠農村,根本不可能找到這方面的專家。所以我們希望通過這種方法,讓電腦自動完成這些工作。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

再看一個腦腫瘤病理切片分析的例子,腦腫瘤病理切片分析也是一項龐大的工作。一個腫瘤被切除后,需要知道切片中的腫瘤屬于哪一類,這決定了你的預后處理方式,是觀察、化療,還是放射性治療。病理醫(yī)生需要看切片然后給出建議,這中間存在著兩大挑戰(zhàn)——分類和切割。

一般病理圖片非常大,2014年已經有了深度學習系統(tǒng),我們當時決定,不管分類還是切割都用深度學習的方法來做。深度學習不需要涉及特征,而是通過機器學習的方法學習特征。我們用到的是遷移學習的方法,也就是說,特征不是在病理切片等醫(yī)學影像上訓練,而是在ImageNet上訓練出來的。雖然如此,這個神經網絡還是可以抽取病理圖像的信息,把它送入分類器并分析出來。

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下圖是我們2014年用這種方法獲得的結果,不管在分類還是切割上都排名第一。當時深度學習剛剛出來,我們在這個課題第一次使用了深度學習,而后面幾名都沒用,可見當時深度學習的效果。

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作為一家平臺公司,微軟需要跟不同領域的專家和企業(yè)合作,才能更大程度地發(fā)揮人工智能等前沿技術的價值。

下圖介紹了我們和英國劍橋醫(yī)院的醫(yī)生合作的一個關于圖像分割的項目。假如一個腦腫瘤患者要做放射性治療,第一步要把腫瘤分割出來,甚至還要標出一些正常部位,比如管視覺或聽覺的部位。通過這種方法讓放射性治療更精準,避免誤傷其他細胞。

我曾經問做放射性治療的醫(yī)生,做這件事情要花多長時間。他回答說,這件工作挺復雜的,可能需要30分鐘左右。我又問,如果病人是你的母親,你會花多長時間。他回答說,這種情況可能要花三個小時。大家都是人,為什么會有這種差別?這表明,很多情況下醫(yī)生無法花那么長時間細致地做這件事。所以,我們希望利用人工智能和機器學習,幫助醫(yī)生更高效地完成工作。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

再看一個微軟與印度合作的案例。我們和印度一家做眼底設備的企業(yè)合作,檢測視網膜上的糖網病變,做早期篩查,評估病變的嚴重程度。目前全世界有超過20個國家在使用這家企業(yè)的設備,治愈了超過20萬名病患。美國FDA不久前剛剛批準了這類應用。我相信國內也有很多合作伙伴在做這類事情。我的看法是,這種技術多多益善。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

我們還和印度另一家機構合作,分析病人是不是有近視,會不會轉化成嚴重近視,以及是否會出現視網膜脫落等。這家機構有很多小孩子在不同年紀拍攝的眼底照片。我們基于這些照片進行機器學習,用算法檢測他的眼部疾病是否會繼續(xù)惡化。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

除了醫(yī)學影像之外,還有沒有別的利用人工智能改善醫(yī)療的機會?我這里也有一些案例。

美國每年有38000人死于交通事故,很多交通意外是由人為因素導致的,所以大家對自動駕駛充滿熱情。如果我們能用自動駕駛減少這些人為因素,即使只減少一半,在美國每年也能挽救近2萬人的生命,是對社會的巨大貢獻。

美國約翰霍普金斯的一個團隊做過調查,美國醫(yī)院里每年有近26萬人因為醫(yī)療意外(包括交叉感染、意外跌倒等)死亡,是除心腦血管疾病和癌癥之外的第三大死因,致死人數是車禍的近6倍。如果我們能用技術減少這種錯誤,對社會也是巨大的貢獻。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

這方面我們也有一些案例。比如,微軟跟巴西一家醫(yī)院合作,通過視頻分析病人在病床上的行為。如果病人在床上,但是安全柵欄沒拉起來,系統(tǒng)就會發(fā)出警報,提醒護士查看。這里又要提到弱監(jiān)督學習,因為視頻的數據量非常大,如果每一幀都要標注,工作量十分龐大。采用弱監(jiān)督學習的方法,只要看到病人有沒有下床就可以了,不用每一幀都標注。

未來,在醫(yī)院的復雜環(huán)境中,可以通過計算機視覺判斷更多情況,比如一個剛剛做完手術的病人是否走得太遠了,需不需要人去接他等。通過這種方法可以減少醫(yī)療意外。

微軟亞洲研究院副院長張益肇:弱監(jiān)督學習在醫(yī)學影像中的探索 | CCF-GAIR 2018

最后快速總結一下:有人開玩笑說,所謂的人工智能是靠大量人工實現少量的智能,比如做圖片識別,需要先找大量人對圖像進行標注。醫(yī)療影像的標注需要專業(yè)知識,甚至需要幾位專家商量后才能決定怎么標,很難找到這么多標注人員,標注成本也很高。

所以我們希望通過弱監(jiān)督學習的方法提高可被使用的數據量,充分發(fā)揮機器學習的能力,構建更復雜和精確的模型。

我案例中提到的很多場景,從病理切片到視頻分解,都可以采用類似的模式來減少數據標注工作。關于這些案例,我們網站上有詳細介紹,歡迎大家訪問瀏覽。

未來希望能與各地的不同企業(yè)和單位合作,在醫(yī)療領域充分發(fā)揮人工智能的價值,讓大家可以健康活到100歲。謝謝!

以下是問答環(huán)節(jié)的精彩內容:

提問:您剛才提到用AI攝像頭監(jiān)控病房,目前應該只是做行為觀測,有沒有更深入一點的,比如分析病人的心跳、呼吸或睜眼等情況?

張益肇:這個想法很好,需要我們跟合作伙伴一起實現。你剛才提到的眨眼識別,我們研究院做了一些表情分析的研究。針對心理疾病患者,可以通過表情的變化進行分析和監(jiān)測。

提問:微軟在醫(yī)療領域有沒有用人工智能處理CT或者三維數據?

張益肇:有。我剛才提到英國同事做的腫瘤和健康組織的分割就是三維的。另外,我們在北京也在做肺結節(jié)識別的研究,也是三維的。今天時間有限所以沒有介紹。

提問:微軟研究院主要做基礎科研,這些技術能不能對外合作?

張益肇:可以。我們希望把人工智能普及化,如果有好的伙伴,我們很愿意合作。我們對合作伙伴的要求是,要有數據資源和合理的期望值。因為產品在技術上是可行的,但真正在醫(yī)院落地是一個漫長的過程。我們希望合作伙伴有真誠的意愿和足夠的耐心。

提問:您剛剛介紹的案例大部分是在高端私人醫(yī)院或大型公立三甲醫(yī)院。對于民營綜合性醫(yī)院或社區(qū)醫(yī)院來說,醫(yī)療人工智能對它們有價值嗎?

張益肇:有。我剛才提到印度的案例,用設備檢測糖尿病的發(fā)展情況。在基層和醫(yī)生資源不夠的地方,這種人工智能發(fā)揮的作用更大。我剛才提到的瘧疾的例子也是如此。

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