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生物醫(yī)藥 正文
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專訪四川大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院曹洋:AI 時(shí)代的藥物設(shè)計(jì)需要從理論到實(shí)踐的突破

本文作者: 饒舒瑋 編輯:任平 2024-04-30 10:10
導(dǎo)語(yǔ):解釋不是真正的理解,創(chuàng)造才是。

“做科學(xué)研究,不僅要認(rèn)識(shí)世界,更要改造世界?!?/p>

曹洋在自己的個(gè)人實(shí)驗(yàn)室網(wǎng)站上,將物理學(xué)家理查德·費(fèi)曼的名言放在了顯眼的位置,讓每一位網(wǎng)站訪客都無(wú)法忽略?!癢hat I cannot create, I do not understand.”這是他以自己的方式提醒自己和所有科研人員,莫忘初心。

20 年前,曹洋坐在中科院擠滿人的大禮堂里,上一門(mén)叫做《生物信息學(xué)》的課,臺(tái)上講課的是“中國(guó)生物信息學(xué)研究開(kāi)拓者”--陳潤(rùn)生院士。在陳潤(rùn)生院士的啟蒙下,曹洋進(jìn)入了這個(gè)當(dāng)年甚至還不是一個(gè)明確二級(jí)學(xué)科的新興領(lǐng)域。

如今作為四川大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院副教授的曹洋,已經(jīng)在生物信息學(xué)領(lǐng)域深耕數(shù)年,具體研究方向包括藥物分子設(shè)計(jì)算法與應(yīng)用、蛋白設(shè)計(jì)和三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)及序列分析與功能預(yù)測(cè)。

在曹洋看來(lái),科研工作不能僅停留在認(rèn)識(shí)層面,只有研究成果轉(zhuǎn)化為實(shí)際應(yīng)用,真正做到改造世界,這是他做科研的初衷。在未來(lái),他希望在 AI 技術(shù)的助力下,藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域能達(dá)到“畫(huà)好圖紙”就能“蓋好房子”的水平,讓前期準(zhǔn)備工作完美落實(shí)到實(shí)驗(yàn)階段,提高藥物研發(fā)的成功率。

近期,2024 年度「第二屆生物信息與轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)大會(huì)」落下帷幕。本屆大會(huì)以 “人工智能時(shí)代的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)”為主題,由北京攜云啟源科技有限公司承辦。來(lái)自四川大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院的曹洋副教授受邀參會(huì)。

借此契機(jī),曹洋副教授與雷峰網(wǎng)進(jìn)行了深入對(duì)話。以下為對(duì)話全文(經(jīng)編輯):

開(kāi)生物信息的大門(mén)

雷峰網(wǎng):從學(xué)科背景來(lái)看,您在本科階段學(xué)的是應(yīng)用物理相關(guān)專業(yè),為何碩博時(shí)期轉(zhuǎn)向生物信息學(xué)?

曹洋:本科時(shí)期我對(duì)物理比較感興趣,所以選擇了應(yīng)用物理大方向下的電子科學(xué)技術(shù)專業(yè)。到了研究生階段,我有幸進(jìn)入中科院的生物物理研究所學(xué)習(xí)。

在 2004 年中科院入學(xué)的時(shí)候,新生要在各個(gè)實(shí)驗(yàn)室輪轉(zhuǎn),然后雙向選擇確定導(dǎo)師和研究方向。我當(dāng)時(shí)有考慮過(guò)選擇結(jié)構(gòu)生物學(xué),用 X 射線衍射方法解析蛋白的三維結(jié)構(gòu);也考慮過(guò)神經(jīng)生物學(xué),看人的認(rèn)知是怎么建立起來(lái)的。

最后下定決心學(xué)生物信息學(xué),是在研究生一年級(jí)上了陳潤(rùn)生院士和凌倫獎(jiǎng)老師主講的《生物信息學(xué)》之后。課堂上講了很多讓我耳目一新的內(nèi)容,比如怎么把生物學(xué)問(wèn)題變成數(shù)學(xué)問(wèn)題,非常引人入勝。我還記得當(dāng)時(shí)上課的場(chǎng)景,研究生院的禮堂萬(wàn)人空巷,水泄不通,很多同學(xué)沒(méi)有位置,只能坐在走道上聽(tīng)。陳老師的講課內(nèi)容對(duì)我來(lái)說(shuō)是一個(gè)很好的啟蒙,受益匪淺。

那時(shí)從事生物信息學(xué)研究的蔣太交教授剛好從國(guó)外回來(lái)組建實(shí)驗(yàn)室,我被他有關(guān)蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、設(shè)計(jì)的研究吸引了,因此成為他的第一批學(xué)生。

那時(shí)候生物信息學(xué)還不是學(xué)科體系下的二級(jí)學(xué)科。我入學(xué)的專業(yè)是生物物理專業(yè),到我畢業(yè)的時(shí)候,畢業(yè)學(xué)位證上變成了生物信息學(xué)。

雷峰網(wǎng):您在本科學(xué)習(xí)的物理學(xué)知識(shí),對(duì)您之后的研究工作有沒(méi)有影響?

曹洋:影響還是挺大的。因?yàn)樯镄畔W(xué)是交叉學(xué)科,對(duì)數(shù)理的要求比較高。特別在早期,很多算法和軟件還不成型的時(shí)候,需要自己去做開(kāi)發(fā),理解背后的原理。而我做的生物信息方向和分子模擬非常相關(guān),比如蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),需要在結(jié)構(gòu)的基礎(chǔ)上分析生物學(xué)功能,其中會(huì)涉及到計(jì)算能量、相互作用、自由能等,如果前期沒(méi)有數(shù)理知識(shí)作為基礎(chǔ),后面很多問(wèn)題理解起來(lái)肯定會(huì)比較困難。

我也注意到,在生物信息學(xué)領(lǐng)域,物理學(xué)、計(jì)算機(jī)背背景的科研者比較偏向方法學(xué)研究;而生物學(xué)背景的則偏向生物學(xué)問(wèn)題研究。所以不同的學(xué)科背景對(duì)后續(xù)科研方向有潛移默化的影響,但學(xué)科背景不是絕對(duì)因素,只是有這樣的趨勢(shì)。

雷峰網(wǎng):在您看來(lái),進(jìn)入生物信息學(xué)這種跨學(xué)科領(lǐng)域,需要具備什么樣的能力?

曹洋:我認(rèn)為,要有很好的邏輯思維能力和很強(qiáng)的學(xué)習(xí)能力,能夠迅速掌握相關(guān)的學(xué)科知識(shí),并懂得如何在研究中運(yùn)用上。

你會(huì)發(fā)現(xiàn),在這個(gè)交叉學(xué)科里,需要綜合應(yīng)用很多專業(yè)的知識(shí)來(lái)解決具體問(wèn)題,不可能只學(xué)生物、化學(xué)等某一學(xué)科的知識(shí)就足夠,而沒(méi)有誰(shuí)是能夠在大學(xué)本科就把各個(gè)專業(yè)知識(shí)都學(xué)完。所以從事前沿工作,一定要有開(kāi)放的心態(tài),有很好的自學(xué)能力,才可以跟上整個(gè)領(lǐng)域的發(fā)展,有進(jìn)一步的創(chuàng)新突破。這是我這些年感受非常深的一點(diǎn)。

雷峰網(wǎng):在中科院生物物理研究所學(xué)習(xí)期間,您的主要研究方向是什么?

曹洋:我當(dāng)時(shí)主要做蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的算法和應(yīng)用。2010 年,我所在的蔣太交教授實(shí)驗(yàn)室所研發(fā)的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)方法,進(jìn)入了國(guó)際蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)比賽 CASP 的前二十名,是當(dāng)時(shí)國(guó)內(nèi)參賽隊(duì)里成績(jī)最好的。此外,我還研究了一些生物學(xué)問(wèn)題,包括流感進(jìn)化突變帶來(lái)的影響,比如在結(jié)構(gòu)建模分子模擬的基礎(chǔ)上,研究流感病毒和細(xì)胞受體之間的相互作用。

雷峰網(wǎng):您在結(jié)束學(xué)業(yè)之后沒(méi)有進(jìn)入企業(yè),而是選擇高校繼續(xù)科研工作是出于什么想法?

曹洋:我個(gè)人偏向在學(xué)術(shù)方面進(jìn)行一些比較自由的探索。在高校的話,可以根據(jù)興趣去選擇研究課題,但在企業(yè)可能沒(méi)有辦法實(shí)現(xiàn)。當(dāng)時(shí)剛好有一個(gè)機(jī)會(huì),就入職四川大學(xué)了。

AI 入場(chǎng)藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域后

雷峰網(wǎng):請(qǐng)介紹一下您現(xiàn)在正在進(jìn)行的研究工作?

曹洋:我們課題組主要研究是圍繞計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)展開(kāi)的。這幾年,我們團(tuán)隊(duì)將重心放在了做生物醫(yī)藥相關(guān)的算法和軟件的開(kāi)發(fā),同時(shí)進(jìn)行一些針對(duì)具體靶標(biāo)的藥物設(shè)計(jì)與篩選。在計(jì)算機(jī)設(shè)計(jì)方法不斷落地,促進(jìn)藥物研發(fā)的歷史進(jìn)程中,我們希望貢獻(xiàn)一份力量。

雷峰網(wǎng):您如何看待目前的藥物設(shè)計(jì)開(kāi)發(fā)領(lǐng)域的發(fā)展?在開(kāi)發(fā)靶向藥物的計(jì)算方法方面,您有哪些研究成果可以分享?

曹洋:此前,在蛋白三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)領(lǐng)域有一個(gè)很大的突破——AlphaFold。在藥物設(shè)計(jì)開(kāi)發(fā)領(lǐng)域,我們也期待能有這樣的突破。盡管現(xiàn)在出現(xiàn)了一些新的算法和技術(shù),但還是跟生物醫(yī)藥研究的實(shí)際需求有很大距離。我們團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了一系列的分子模擬計(jì)算法方法,比較有代表性的是分子對(duì)接 CB-Dock 系列。

雷峰網(wǎng):請(qǐng)?jiān)敿?xì)介紹一下上述全自動(dòng)化分子對(duì)接算法 CB-Dock 的優(yōu)勢(shì)?

曹洋:這個(gè)算法平臺(tái)的核心優(yōu)勢(shì)在于其高效和準(zhǔn)確,用戶使用門(mén)檻低。

首先,它能準(zhǔn)確識(shí)別靶標(biāo)的分子結(jié)合口袋。這里采用了前期開(kāi)發(fā)的算法 CurPocket,它基于分子的表面曲率,可以在給定蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的情況下提取到其分子可能結(jié)合的口袋。這個(gè)口袋識(shí)別算法和下游計(jì)算能夠很好地匹配,使整個(gè)過(guò)程實(shí)現(xiàn)全自動(dòng)化。

其次,它的分子對(duì)接可以學(xué)習(xí)已知的分子互作信息。我們開(kāi)發(fā)了算法 FitDock,內(nèi)置在 CB-Dock 里,在預(yù)測(cè)新分子與已知靶標(biāo)的結(jié)合模式方面有很大優(yōu)勢(shì)。

再有,我們?cè)?CB-Dock 的軟件開(kāi)發(fā)和維護(hù)方面很用心,使得操作軟件和分析結(jié)果都比較容易。它面向的是廣大生物醫(yī)學(xué)研究同行,能一定程度上減輕他們的學(xué)習(xí)負(fù)擔(dān),更聚焦在研究具體問(wèn)題上。

雷峰網(wǎng):這套算法平臺(tái)現(xiàn)在使用率如何?

曹洋:我們這套計(jì)算服務(wù)器已經(jīng)發(fā)布五年,國(guó)內(nèi)外同行提交了超過(guò) 30 萬(wàn)次計(jì)算任務(wù),現(xiàn)在每天的使用量都有超過(guò)千次,相關(guān)論文的引用數(shù)量也上千。我發(fā)現(xiàn)在一些社交平臺(tái)都有這款軟件使用的視頻,是國(guó)內(nèi)外同行的使用體驗(yàn)和推薦。對(duì)此我覺(jué)得由衷高興,感到我們的努力對(duì)社會(huì)是有用的。

這套軟件用戶來(lái)自世界各地,我常收到用戶的郵件,咨詢相關(guān)的問(wèn)題,也有為我們?cè)诟倪M(jìn)軟件方面出謀劃策。比如前段時(shí)間我們服務(wù)器的安全證書(shū)到期了,沒(méi)有及時(shí)去更新,就有好多用戶給我們發(fā)郵件說(shuō)遇到問(wèn)題了,問(wèn)我們能不能趕緊解決。也有一些企業(yè)聯(lián)系我們,申請(qǐng)使用軟件的授權(quán)。

雷峰網(wǎng):接下來(lái)對(duì)于這套算法軟件的迭代更新有什么方向嗎?

曹洋:前段時(shí)間,有一個(gè)斯坦福的用戶給我們反饋,他建議可以在計(jì)算的過(guò)程中研究怎么樣合并不同對(duì)接算法的結(jié)果,還提到了批量的受體提交模式。因?yàn)楝F(xiàn)在這個(gè)軟件是一個(gè)受體對(duì)應(yīng)一個(gè)配體,只能單個(gè)提交。這位用戶希望可以添加批量化提交的方式,這樣他們可以利用其做小規(guī)模的橫向?qū)Ρ妊芯俊N矣X(jué)得這是一個(gè)比較好的建議,還是得想方設(shè)法滿足相關(guān)研究的實(shí)際需求。

雷峰網(wǎng):我注意到您的團(tuán)隊(duì)還建立了 AbRSA,AbAlign 等抗體分析算法,請(qǐng)介紹一下該算法的開(kāi)發(fā)過(guò)程?

曹洋:我們也關(guān)注抗體相關(guān)的研究,這是生物藥里的主要類型。前些年,我們?cè)谧隹贵w人源化設(shè)計(jì)的過(guò)程中,遇到一個(gè)難題,就是業(yè)界的各種分析軟件都沒(méi)辦法對(duì)手頭上的抗體樣本進(jìn)行識(shí)別。這激發(fā)了想要我自己開(kāi)發(fā)相關(guān)算法的念頭,我們花了一年多的時(shí)間,開(kāi)發(fā)了一款抗體可變區(qū)編號(hào)算法 AbRSA ,解決了我前面遇到的困難。

這款算法對(duì)各類抗體或者 BCR 序列有很強(qiáng)的適應(yīng)性,能準(zhǔn)確地界定 CDR 區(qū)域、FR 區(qū)。在此基礎(chǔ)上,我們又進(jìn)一步提出了抗體專用的多序列比對(duì)算法,可以對(duì)超大規(guī)模的抗體/ BCR 數(shù)據(jù)測(cè)序進(jìn)行處理,進(jìn)而幫助抗體的篩選和設(shè)計(jì),同時(shí)也可以作為個(gè)體免疫狀態(tài)的分析。這些算法的源頭,都是我們?cè)诮鉀Q實(shí)際問(wèn)題中想到的。

雷峰網(wǎng)(公眾號(hào):雷峰網(wǎng)):這個(gè)抗體分析算法的實(shí)際應(yīng)用效果如何?

曹洋:軟件在發(fā)布后吸引了非常多用戶,包括國(guó)外很多知名的高校,還有像美國(guó) FDA 食品藥品監(jiān)督局這樣的用戶,以及國(guó)內(nèi)的一些專利公司和做創(chuàng)新藥物開(kāi)發(fā)的公司?,F(xiàn)在在這個(gè)領(lǐng)域,國(guó)際上能獲得的類似計(jì)算工具大概就三款,我們是其中之一。

雷峰網(wǎng):您覺(jué)得這款軟件在同類型中的核心競(jìng)爭(zhēng)力是什么?

曹洋:從算法角度上講,它的健壯性更好,能超快速度處理大規(guī)模數(shù)據(jù)。因?yàn)榭贵w從基因重排到體細(xì)胞超突變,其中的多樣性非常大。若想在不同序列模式上進(jìn)行準(zhǔn)確界定,就需要從算法上做比較細(xì)致的優(yōu)化。

雷峰網(wǎng):除了算法方面的研究成果,請(qǐng)分享一下您此前設(shè)計(jì)人工蛋白的科研過(guò)程?

曹洋:在十年前,要想設(shè)計(jì)全人工蛋白,大家都覺(jué)得這是困難的事情。即便前有華盛頓大學(xué)的 David Baker 教授的成功經(jīng)驗(yàn),但對(duì)于普通實(shí)驗(yàn)室團(tuán)隊(duì)或者沒(méi)有深入了解這類研究的人看來(lái),完成全人工蛋白的設(shè)計(jì)還存在很大的困難。而且這類實(shí)驗(yàn)的成功率很低,經(jīng)驗(yàn)不足就容易失敗。

我進(jìn)入人工蛋白設(shè)計(jì)領(lǐng)域是 2016 年到 2017 年期間,當(dāng)時(shí)我正在美國(guó)密歇根大學(xué)張陽(yáng)教授的實(shí)驗(yàn)室做訪問(wèn)學(xué)者,在那時(shí)候參與了 EvoDesign 的開(kāi)發(fā)與實(shí)踐。我當(dāng)時(shí)做了幾個(gè)靶標(biāo),包括 EGFR 這些靶標(biāo)的結(jié)合蛋白設(shè)計(jì),比較成功地設(shè)計(jì)出了高親和力的人工蛋白。

在設(shè)計(jì)出人工蛋白之前,我個(gè)人對(duì)這個(gè)領(lǐng)域還有很多懷疑。做完之后我發(fā)現(xiàn),人工蛋白完全可以走向應(yīng)用,相信在不遠(yuǎn)的未來(lái),它會(huì)在生物醫(yī)藥研發(fā)中大放光彩。

雷峰網(wǎng):您覺(jué)得人工蛋白設(shè)計(jì)技術(shù)現(xiàn)在發(fā)展到什么階段了?

曹洋:我感觸特別深的是在 2020 年以后,AI 技術(shù)被大量引入蛋白設(shè)計(jì)領(lǐng)域,可以觀察到整個(gè)領(lǐng)域都蓬勃發(fā)展起來(lái),其中不乏一些極富創(chuàng)意的設(shè)計(jì)新思路。

不僅僅是像 David Baker 團(tuán)隊(duì)這樣的先驅(qū),還有很多實(shí)驗(yàn)室都取得了長(zhǎng)足的進(jìn)步,比如說(shuō)科大劉海燕教授的從頭設(shè)計(jì)氨基酸序列算法 ABACUS、SCUBA,計(jì)算所卜東波教授的蛋白質(zhì)序列設(shè)計(jì)算法 ProDESIGN,北航葉盛教授基于電子密度的設(shè)計(jì)算法 CUTEDGE 等,都像雨后春筍一樣被提出來(lái),并且還有很多成功應(yīng)用的案例。

同時(shí),我們也看到了很多企業(yè)在往這方向發(fā)展,他們對(duì)人工蛋白設(shè)計(jì)技術(shù)表現(xiàn)了很大的興趣。人工蛋白設(shè)計(jì)正處在其廣泛應(yīng)用的前夜。

以創(chuàng)造性思維做科研

雷峰網(wǎng):在您看來(lái),當(dāng)前藥物設(shè)計(jì)算法領(lǐng)域處在什么階段?面臨的主要挑戰(zhàn)是什么?

曹洋:藥物設(shè)計(jì)算法已經(jīng)取得了長(zhǎng)足的進(jìn)步,但是距離生物醫(yī)學(xué)的實(shí)踐需求還有較大的距離。我所期待的藥物設(shè)計(jì)技術(shù),就像蓋房子一樣,只要滿足力學(xué)規(guī)則,就能使用軟件設(shè)計(jì)出符合想象的結(jié)構(gòu)。但是實(shí)際上,現(xiàn)在藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域的技術(shù)還遠(yuǎn)遠(yuǎn)達(dá)不到上述理想狀態(tài)。往往很多時(shí)候是在設(shè)計(jì)階段想盡各種辦法達(dá)到指標(biāo),滿足要求,但最終實(shí)驗(yàn)成功的概率只有千分之一,甚至萬(wàn)分之一。雖然這個(gè)領(lǐng)域已經(jīng)出現(xiàn)了很多分子設(shè)計(jì)的成功案例,有一些已經(jīng)完成臨床甚至上市,但還沒(méi)有達(dá)到成熟的階段。在我看來(lái),現(xiàn)在藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域面臨的最大挑戰(zhàn)在于,我們對(duì)于分子層面的規(guī)律認(rèn)識(shí)不到位,計(jì)算能力不夠,這樣帶來(lái)的結(jié)果就是不夠準(zhǔn)確。

雷峰網(wǎng):對(duì)于現(xiàn)在想要進(jìn)入藥物設(shè)計(jì)領(lǐng)域的年輕科研工作者,您有什么建議?

曹洋:我的建議是,要保持一顆努力學(xué)習(xí)的心。整個(gè)領(lǐng)域進(jìn)步很快,需要的知識(shí)專長(zhǎng)非常多,幾年前的知識(shí)可能現(xiàn)在已經(jīng)落后了,所以要隨時(shí)保持學(xué)習(xí),爭(zhēng)取走在前沿,有所突破。同時(shí)還希望密切結(jié)合應(yīng)用實(shí)踐,推動(dòng)整個(gè)領(lǐng)域的發(fā)展進(jìn)步。

總而言之,時(shí)刻保持學(xué)習(xí),瞄準(zhǔn)這個(gè)領(lǐng)域的重大問(wèn)題去做開(kāi)發(fā)、做研究。

雷峰網(wǎng):您怎么看待未來(lái) AI 制藥的前景?

曹洋:引入這種人工智能系統(tǒng)來(lái)輔助藥物設(shè)計(jì),是近年來(lái)最大的一個(gè)突破。雖然早期的工作也用了一些機(jī)器學(xué)習(xí)的方法,但不像現(xiàn)在這么大規(guī)模、廣泛的使用。而且新的 AI 技術(shù)建立在更多的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)上,擁有更好的模型。相比之前的方法,有質(zhì)的飛躍。

但即便現(xiàn)在 AI 制藥的概念和相關(guān)研究工作這么火,還是有很多沒(méi)有落地,并沒(méi)有在實(shí)際藥物研發(fā)中產(chǎn)生突出的作用。我們很希望接下來(lái),不論是實(shí)驗(yàn)算法也好,還是理論的研究也好,都能夠轉(zhuǎn)化為實(shí)際上市藥物,真正地推動(dòng)整個(gè)領(lǐng)域從理論到實(shí)踐上的突破。

雷峰網(wǎng):我注意到您的個(gè)人實(shí)驗(yàn)室網(wǎng)站首頁(yè)有一句很顯眼的名言,是費(fèi)曼的名言 “What I cannot create, I do not understand.” 請(qǐng)問(wèn)您對(duì)這句話的理解?

曹洋:很多研究是試圖去解釋它背后的道理,但是解釋并不代表真正理解。排除所有可能性之后,如果能夠創(chuàng)造出預(yù)設(shè)的結(jié)果,才能夠稱之為真正理解。

這也是為什么我們看到很多研究,在解釋邏輯方面頭頭是道,似乎很讓人信服,但一旦應(yīng)用到生物醫(yī)學(xué)場(chǎng)景,就會(huì)遇到很多問(wèn)題。就以藥物設(shè)計(jì)的工作來(lái)說(shuō),我們要去創(chuàng)造實(shí)際的分子,不能僅停留在解釋現(xiàn)象。作為科研工作者,我們不僅要認(rèn)識(shí)世界,更要改造世界,只有這樣,我們對(duì)世界的認(rèn)識(shí)和理解才能更加深刻。

雷峰網(wǎng):請(qǐng)介紹一下您第二屆生信大會(huì)上的演講內(nèi)容?

曹洋:我主要介紹了實(shí)驗(yàn)室近期有關(guān)抗體/ BCR 的數(shù)據(jù)分析、建模方面的工作進(jìn)展。一方面是有關(guān) BCR 或者抗體序列的多序列比對(duì)的新算法,在效率和準(zhǔn)確性上達(dá)到了業(yè)內(nèi)領(lǐng)先。另一方面是在這個(gè)基礎(chǔ)上的抗體三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè),成藥性分析,就內(nèi)部測(cè)試的結(jié)果,相比已知的抗體可變區(qū)預(yù)測(cè)方法,我們的準(zhǔn)確性是最好的。我希望通過(guò)這次報(bào)告,跟國(guó)內(nèi)同行分享相關(guān)的成果,也希望收到同行的建議和意見(jiàn),把研究工作做得更好。

雷峰網(wǎng):您在第二屆生信大會(huì)上有什么收獲嗎?

曹洋:收獲挺大的。我注意到現(xiàn)在生物信息領(lǐng)域的研究和醫(yī)學(xué)實(shí)踐已經(jīng)深度聯(lián)系起來(lái)了。有幾個(gè)印象深刻的報(bào)告,比如有通過(guò) BCR 的研究去分析人的健康狀態(tài),進(jìn)行免疫力解碼;蛋白設(shè)計(jì)新方法在蛋白活性和實(shí)驗(yàn)成功率方面取得突破;還有基于 AI 算法在毒性毒理代謝、重定位等研究的創(chuàng)新。我回去后還要好好消化學(xué)習(xí)。


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