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高能生物課 | CRISPR技術(shù)是什么,能編輯人類DNA和RNA?

本文作者: 溫曉樺 2016-06-09 07:40
導(dǎo)語:利用細(xì)菌的免疫系統(tǒng)搞定病毒

首先,我們先復(fù)習(xí)兩個(gè)熟悉而陌生的概念:

RNA:核糖核酸

DNA:脫氧核糖核酸

原核生物和真核生物的遺傳物質(zhì)是DNA,病毒的遺傳物質(zhì)是DNA或RNA。

好,去片。

高能生物課 | CRISPR技術(shù)是什么,能編輯人類DNA和RNA?

RNA結(jié)構(gòu)圖

日前,麻省理工學(xué)院腦認(rèn)知科學(xué)系博士張峰在《科學(xué)》在雜志發(fā)表的研究成果顯示,其團(tuán)隊(duì)首次實(shí)現(xiàn)利用CRISPR進(jìn)行RNA編輯。據(jù)悉,張峰及其團(tuán)隊(duì)發(fā)明了一種靶向作用于RNA而不是DNA的新型CRISPR系統(tǒng),論文題為“C2c2 is a single-component programmable RNA-guided RNA-targeting CRISPR effector”。

CRISPR系統(tǒng),為目前發(fā)現(xiàn)存在于大多數(shù)細(xì)菌與所有的古菌中的一種后天免疫系統(tǒng),以消滅外來的質(zhì)體或者噬菌體,并在自身基因組中留下外來基因片段作為“記憶”,全名為“常間回文重復(fù)序列叢集/常間回文重復(fù)序列叢集關(guān)聯(lián)蛋白系統(tǒng)”。

具體來說,在生命進(jìn)化歷史上,病毒的擴(kuò)散方式是把自己的基因寄生到細(xì)菌里,利用細(xì)菌的細(xì)胞工具來復(fù)制自己的基因(病毒沒有細(xì)胞),而細(xì)菌為了降解外來入侵的病毒基因,進(jìn)化出一個(gè)能夠把病毒基因從自己的染色體上切除的CRISPR系統(tǒng)——這也是細(xì)菌特有的免疫。

CRISPR利用的突破:從DNA編輯到RNA編輯

從過去10年開始,科學(xué)家只能利用這個(gè)系統(tǒng)研發(fā)出進(jìn)行DNA編輯的技術(shù),典型的是依靠一個(gè)復(fù)合物,該復(fù)合物能在一段RNA(核糖核酸)指導(dǎo)下,定向?qū)ふ夷繕?biāo)DNA序列,然后將該序列進(jìn)行切除。簡(jiǎn)答來說,就是手動(dòng)輔助細(xì)胞免疫,從而進(jìn)行癌癥治療。

雷鋒網(wǎng)此前報(bào)道,科學(xué)家發(fā)明了CRISPR/Cas9基因編輯系統(tǒng),即是通過對(duì)一種蛋白Cas9的復(fù)合物進(jìn)行操作,來對(duì)多種目標(biāo)細(xì)胞DNA進(jìn)行切除

然而,張峰博士這次的技術(shù)突破使得CRISPR系統(tǒng)以RNA為靶向目標(biāo),而不再限于DNA切除免疫。

這要從去年10月說起。

去年10月,一組來自麻省理工學(xué)院、麻省理工學(xué)院-哈佛博德研究所、美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院(NIH)、羅格斯大學(xué)的科學(xué)家發(fā)現(xiàn)了C2c2酶。C2c2是一種由RNA介導(dǎo),能定向降解RNA的酶。這種酶可以幫助細(xì)菌抵御病毒入侵,而且隨著科學(xué)家的進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),C2c2酶可以用來剪切細(xì)菌細(xì)胞中特定的RNA序列。

只以RNA為目標(biāo),這允許其高通量地精確操縱RNA。這有什么好處呢?我們都知道,病毒是一種沒有細(xì)胞結(jié)構(gòu)的最低級(jí)的生命體,最簡(jiǎn)單的病毒中心是核糖核酸(RNA)。而在植物病毒中,除少數(shù)例外(如花椰菜花葉病毒Caulif- lower mosaic virus),幾乎都是RNA病毒。RNA病毒的遺傳物質(zhì)由核糖核酸(RNA)組成。

DNA是細(xì)胞身份與功能的基因組;RNA則是幫助實(shí)現(xiàn)這些基因組指令的角色。C2c2僅以RNA為靶向目標(biāo)的特點(diǎn),能對(duì)RNA實(shí)施更精準(zhǔn)、更大規(guī)模的暫時(shí)性操控——可以理解為:擒賊先擒王。更加切中要害地調(diào)控基因功能,能夠促進(jìn)人類醫(yī)學(xué)上的疾病認(rèn)知、治療和預(yù)防。

DNA編輯讓細(xì)胞基因組發(fā)生永久性變化,但是這種基于CRISPR的RNA靶向方法可能允許科學(xué)家們讓細(xì)胞基因組發(fā)生可根據(jù)需要進(jìn)行上下調(diào)節(jié)的臨時(shí)變化。

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C2c2的應(yīng)用前景

關(guān)于利用RNA及其衍生物進(jìn)行基因表達(dá)干擾的技術(shù)已有先例,比如對(duì)同樣參與糖核酸干擾的小分子RNA——siRNA的利用。而基于C2c2酶的RNA編輯將更具優(yōu)勢(shì),應(yīng)用也更加廣泛,比如:

在特定的RNA序列上添加分子元件(modules),可以調(diào)節(jié)RNA的翻譯功能。

RNA的翻譯過程中,從DNA轉(zhuǎn)錄后,RNA被信使RNA(mRNA)為基礎(chǔ)合成具有一定氨基酸順序的蛋白質(zhì)。所以這樣一來,隨便怎樣都是對(duì)蛋白質(zhì)表達(dá)的大規(guī)模干擾。

比如,也可以:

利用C2c2熒光標(biāo)記RNA,追蹤它們的運(yùn)輸。

當(dāng)然,這只是舉例,為的是說明當(dāng)我們掌握更基礎(chǔ)、精準(zhǔn)的生物分子操控技術(shù)后,對(duì)上層的生命表達(dá)也有了更多施展的空間。

關(guān)于CRISPR系統(tǒng)的其他研究突破

本次科學(xué)家的新發(fā)現(xiàn)主要是專攻RNA的C2c2。而除了此前專攻DNA的CRISPR-Cas9,科學(xué)家還發(fā)現(xiàn)了有別于“CRISPR-Cas9”的另一條基因“剪切”之路,更有利于基因編輯后的修復(fù)。

今年4月底,哈爾濱工業(yè)大學(xué)正式對(duì)外發(fā)布,該校生命學(xué)院教授黃志偉及其團(tuán)隊(duì)首次揭示了CRISPR-Cpf1識(shí)別crRNA的復(fù)合物結(jié)構(gòu)。

高能生物課 | CRISPR技術(shù)是什么,能編輯人類DNA和RNA?

所謂“CRISPR-Cpf1”,是最新被人類發(fā)現(xiàn)的最高效的DNA編輯工具。人類知道DNA這個(gè)物質(zhì)由來已久,但是無法控制用以優(yōu)化。眾所周知,人類疾病中的癌癥、艾滋病或遺傳疾病都可以在DNA中找到“答案”,而“CRISPR-Cpf1”就是破解“答案”的關(guān)鍵,只不過,過去人們一直無法掌握這個(gè)答案的作用機(jī)制。如今,“CRISPR-Cpf1”的運(yùn)行機(jī)制被破譯。

具體來說,工具“CRISPR-Cpf1”,它能夠直接改造基因——就像文字編輯軟件“修改文檔”一樣來“修正”基因,而不只是暴力切除。這意味著,人類以后可通過對(duì)基因進(jìn)行手術(shù)來根治某些疾病。

這樣發(fā)展下去,“美國(guó)隊(duì)長(zhǎng)”成真也不是沒有可能的!

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