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| 本文作者： 李雨晨 | 2020-12-07 11:05 |
雷鋒網(wǎng)消息，近日，DeepMind AlphaFold，高調(diào)登上了圈內(nèi)圈外的熱搜榜。
因其在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測領(lǐng)域的突破性成果，使得媒體一度用“顛覆“、“革命性突破”、“諾獎級成果”等詞匯來形容此事件。
簡單來說，AlphaFold能做的事情，是計算氨基酸之間的距離，從而預測蛋白質(zhì)的3D結(jié)構(gòu)。
這是一個號稱困擾生物學家50年的問題。
有的研究者不禁會捶胸頓足：我用著價值一千萬美元的電鏡，還努力解了好多年，而AlphaFold一下就給我算出來了？亂拳要打死老師傅了嗎？
然而現(xiàn)實世界中，任何一項科研成果，有它突破性的一面，也有它明顯的不足之處，AlphaFold也不例外。
AlphaFold 的表現(xiàn)集中體現(xiàn)在對于蛋白質(zhì)靜態(tài)結(jié)構(gòu)的預測，在蛋白-蛋白相互作用結(jié)構(gòu)、C端N端的序列、蛋白質(zhì)結(jié)合位置和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)變化等領(lǐng)域，AlphaFold 還有待進一步改良。
另外，AlphaFold在各項指標評比中強調(diào)的是中位數(shù)，甚至都不是平均數(shù)。這就表明，AlphaFold在有些蛋白的預測結(jié)果較差。
但是，不管怎么說，AlphaFold的出現(xiàn)猶如一塊投入平靜湖面的大石頭，進而引發(fā)一場“蝴蝶效應(yīng)”。我們需要做的，就是如何用更好的姿勢來迎接它，并對它提出自己的思考和判斷：
AlphaFold，其研究、工程優(yōu)勢與弱點，到底有哪些？會對哪些研究團隊產(chǎn)生“降維打擊”？
基于AlphaFold的現(xiàn)有成果，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測的未來，會是什么樣？
AlphaFold對新冠病毒的研究能起到多大幫助？
AlphaFold能否掀起新一輪創(chuàng)業(yè)熱潮？
AlphaFold的未來，讓這些問題的討論顯得尤為重要。
2020年12月8日上午9:30，四位世界級權(quán)威專家，將在線上同臺討論該話題。
主持人：黃昆，印第安納大學醫(yī)學院副院長，AIMBE Fellow
黃昆于1991年進入清華大學學習于1996年獲生物學理學士與電子計算機工學士雙學位。本科畢業(yè)后赴美國伊利諾伊大學香檳校區(qū)(UIUC)學習。
先后獲得生理學碩士，電子工程碩士，數(shù)學碩士學位，并于2004年獲得電子與計算機工程學博士學位，研究方向為計算機視覺與機器學習。
同年加入俄亥俄州立大學醫(yī)學院生物醫(yī)學信息學系任教，2010年獲評終身教職，并先后擔任綜合癌癥中心生物信息共享資源主任，計算生物學與生物信息學部主任，醫(yī)學院副院長等職務(wù)。
2017年加入印第安納大學醫(yī)學院參與領(lǐng)導精準健康計劃，擔任數(shù)據(jù)科學與信息學主任，同時任基因組數(shù)據(jù)科學講席教授，醫(yī)學院主管數(shù)據(jù)科學副院長，印第安納大學Simon綜合癌癥中心副主任。
其主要研究方向包括生物信息學，醫(yī)學圖像分析，醫(yī)療大數(shù)據(jù)，機器學習及其在癌癥研究及神經(jīng)科學等方面的應(yīng)用。發(fā)表研究論文200余篇。2018年當選美國醫(yī)學與生物工程學院(AIMBE)會士。
許東，密蘇里大學教授，AAAS、AIMBE Fellow
美國密蘇里大學電子工程和計算機科學系的Shumaker講座教授，同時擔任Christopher S. Bond生命科學中心研究員和信息技術(shù)專業(yè)主任。
許東教授在北京大學獲得本科與碩士學位，于1995年在伊利諾伊大學獲得博士學位。他在美國國家癌癥研究所做了兩年博后工作，此后在橡樹嶺國家實驗室做了六年研究工作，一直到2003年加入密蘇里大學，從2007-2016年，他擔任該校計算機科學系的系主任。
許東教授的研究主要集中在生物信息學方面，包括機器學習在生物信息學的應(yīng)用，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測，蛋白質(zhì)定位預測，蛋白質(zhì)翻譯后修飾的識別，單細胞數(shù)據(jù)的分析，還有植物、微生物和癌癥的計算機模擬研究，以及生物信息系統(tǒng)。他的蛋白結(jié)構(gòu)預測工作獲得2001 年R&D 100大獎。
許東教授目前已發(fā)表400多篇論文，他是美國科學促進會（AAAS）會士和美國醫(yī)學和生物工程研究院（AIMBE）會士。
張陽，密歇根大學教授，I-TASSER算法發(fā)明人
美國密西根大學計算醫(yī)學與生物信息學系以及生物化學系終身教授。在蛋白質(zhì)折疊和結(jié)構(gòu)預測、蛋白質(zhì)設(shè)計、以及功能注解等方向開展了一系列開拓性的研究，并產(chǎn)生了重要的國際影響。
I-TASSER算法發(fā)明人（該算法連續(xù)八屆國際蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測CASP大賽自動組均名列第一，在生物信息及生物醫(yī)學領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用）。主持與完成NIH百萬美元以上級項目研究課題10余項。
曾獲得DeLano獎，Sloan獎、NSF早期生涯獎、以及密西根大學基礎(chǔ)科學獎等獎項；擔任Journal of Structural Biology等8種國際期刊的編委。在Nature Methods，PNAS等著名期刊上發(fā)表論文200多篇，被國際同行引用三萬余次，連續(xù)四年入選湯森路透（Thomson Reuters）全球高被引科學家。
許錦波，芝加哥豐田技術(shù)研究所教授，斯隆獎得主
美國芝加哥豐田計算技術(shù)研究所教授，《生物信息學》以及《計算生物學》編委；就讀于中國科學技術(shù)大學計算機系，中國科學院計算技術(shù)研究所和加拿大滑鐵盧大學，以及在美國麻省理工學院數(shù)學系和人工智能實驗室接受博士后訓練。
許博士的研究興趣包括人工智能和機器學習，優(yōu)化算法和計算生物學。他于2016年證明了深度殘差卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)可以大大提高蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測的性能，引導了深度學習在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測領(lǐng)域的第一次變革。
許博士獲得了美國斯隆研究獎，美國自然科學基金早期職業(yè)獎，《PLoS Computational Biology》創(chuàng)新突破獎，國際計算生物學頂級會議RECOMB的最佳論文獎和時間考驗 (Test-of-Time) 獎；曾多次接受英美雜志如《紐約時報》、《經(jīng)濟學人》、《財富》、《自然》和《科學》的采訪。
許東、許錦波、張陽（攝于2010年CASP比賽期間）
主題：權(quán)威專家談 AlphaFold：DeepMind 到底突破了什么？
時間：12月8日，上午9:30-11:00
主辦單位：圖像計算與數(shù)字醫(yī)學國際研討會（ISICDM）
協(xié)辦單位：雷鋒網(wǎng)、醫(yī)健AI掘金志
關(guān)注《醫(yī)健AI掘金志》，回復關(guān)鍵詞“蛋白質(zhì)”，即可加入微信群，觀看此次線上論壇，同時實時交流與提問。
（業(yè)內(nèi)首批AI+蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預測【資深研究者討論群】）
圖像計算與數(shù)字醫(yī)學國際研討會（ISICDM）自2017年創(chuàng)辦以來，一直是醫(yī)工交叉的前沿陣地，圍繞圖像計算和數(shù)字醫(yī)學中的一些重要的理論、算法與應(yīng)用問題進行學術(shù)討論，旨在促進電子信息（包括計算機、自動化與生物醫(yī)學工程）、數(shù)學和醫(yī)學等領(lǐng)域?qū)W者的交流與合作。
據(jù)雷鋒網(wǎng)了解，截止至今，ISICDM共邀請到400余位大會報告及專題報告嘉賓，其中包括中、美、英、加等多個國家的的科學院/工程院院士，ACM、IEEE、AIMBE等學會Fellow，CVPR、ICCV、MICCAI大會主席，以及MRI、Medical Image analysis、IEEE TBME、IEEE TIP主編和TPAMI、IJCV、IEEE TIP、IEEE TMI副主編。
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