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| 本文作者： 李雨晨 | 2020-12-07 11:05 |
雷鋒網(wǎng)消息，近日，DeepMind AlphaFold，高調(diào)登上了圈內(nèi)圈外的熱搜榜。
因其在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)領(lǐng)域的突破性成果，使得媒體一度用“顛覆“、“革命性突破”、“諾獎(jiǎng)級(jí)成果”等詞匯來形容此事件。
簡(jiǎn)單來說，AlphaFold能做的事情，是計(jì)算氨基酸之間的距離，從而預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)的3D結(jié)構(gòu)。
這是一個(gè)號(hào)稱困擾生物學(xué)家50年的問題。
有的研究者不禁會(huì)捶胸頓足：我用著價(jià)值一千萬美元的電鏡，還努力解了好多年，而AlphaFold一下就給我算出來了？亂拳要打死老師傅了嗎？
然而現(xiàn)實(shí)世界中，任何一項(xiàng)科研成果，有它突破性的一面，也有它明顯的不足之處，AlphaFold也不例外。
AlphaFold 的表現(xiàn)集中體現(xiàn)在對(duì)于蛋白質(zhì)靜態(tài)結(jié)構(gòu)的預(yù)測(cè)，在蛋白-蛋白相互作用結(jié)構(gòu)、C端N端的序列、蛋白質(zhì)結(jié)合位置和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)變化等領(lǐng)域，AlphaFold 還有待進(jìn)一步改良。
另外，AlphaFold在各項(xiàng)指標(biāo)評(píng)比中強(qiáng)調(diào)的是中位數(shù)，甚至都不是平均數(shù)。這就表明，AlphaFold在有些蛋白的預(yù)測(cè)結(jié)果較差。
但是，不管怎么說，AlphaFold的出現(xiàn)猶如一塊投入平靜湖面的大石頭，進(jìn)而引發(fā)一場(chǎng)“蝴蝶效應(yīng)”。我們需要做的，就是如何用更好的姿勢(shì)來迎接它，并對(duì)它提出自己的思考和判斷：
AlphaFold，其研究、工程優(yōu)勢(shì)與弱點(diǎn)，到底有哪些？會(huì)對(duì)哪些研究團(tuán)隊(duì)產(chǎn)生“降維打擊”？
基于AlphaFold的現(xiàn)有成果，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的未來，會(huì)是什么樣？
AlphaFold對(duì)新冠病毒的研究能起到多大幫助？
AlphaFold能否掀起新一輪創(chuàng)業(yè)熱潮？
AlphaFold的未來，讓這些問題的討論顯得尤為重要。
2020年12月8日上午9:30，四位世界級(jí)權(quán)威專家，將在線上同臺(tái)討論該話題。
主持人：黃昆，印第安納大學(xué)醫(yī)學(xué)院副院長，AIMBE Fellow
黃昆于1991年進(jìn)入清華大學(xué)學(xué)習(xí)于1996年獲生物學(xué)理學(xué)士與電子計(jì)算機(jī)工學(xué)士雙學(xué)位。本科畢業(yè)后赴美國伊利諾伊大學(xué)香檳校區(qū)(UIUC)學(xué)習(xí)。
先后獲得生理學(xué)碩士，電子工程碩士，數(shù)學(xué)碩士學(xué)位，并于2004年獲得電子與計(jì)算機(jī)工程學(xué)博士學(xué)位，研究方向?yàn)橛?jì)算機(jī)視覺與機(jī)器學(xué)習(xí)。
同年加入俄亥俄州立大學(xué)醫(yī)學(xué)院生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)系任教，2010年獲評(píng)終身教職，并先后擔(dān)任綜合癌癥中心生物信息共享資源主任，計(jì)算生物學(xué)與生物信息學(xué)部主任，醫(yī)學(xué)院副院長等職務(wù)。
2017年加入印第安納大學(xué)醫(yī)學(xué)院參與領(lǐng)導(dǎo)精準(zhǔn)健康計(jì)劃，擔(dān)任數(shù)據(jù)科學(xué)與信息學(xué)主任，同時(shí)任基因組數(shù)據(jù)科學(xué)講席教授，醫(yī)學(xué)院主管數(shù)據(jù)科學(xué)副院長，印第安納大學(xué)Simon綜合癌癥中心副主任。
其主要研究方向包括生物信息學(xué)，醫(yī)學(xué)圖像分析，醫(yī)療大數(shù)據(jù)，機(jī)器學(xué)習(xí)及其在癌癥研究及神經(jīng)科學(xué)等方面的應(yīng)用。發(fā)表研究論文200余篇。2018年當(dāng)選美國醫(yī)學(xué)與生物工程學(xué)院(AIMBE)會(huì)士。
許東，密蘇里大學(xué)教授，AAAS、AIMBE Fellow
美國密蘇里大學(xué)電子工程和計(jì)算機(jī)科學(xué)系的Shumaker講座教授，同時(shí)擔(dān)任Christopher S. Bond生命科學(xué)中心研究員和信息技術(shù)專業(yè)主任。
許東教授在北京大學(xué)獲得本科與碩士學(xué)位，于1995年在伊利諾伊大學(xué)獲得博士學(xué)位。他在美國國家癌癥研究所做了兩年博后工作，此后在橡樹嶺國家實(shí)驗(yàn)室做了六年研究工作，一直到2003年加入密蘇里大學(xué)，從2007-2016年，他擔(dān)任該校計(jì)算機(jī)科學(xué)系的系主任。
許東教授的研究主要集中在生物信息學(xué)方面，包括機(jī)器學(xué)習(xí)在生物信息學(xué)的應(yīng)用，蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)，蛋白質(zhì)定位預(yù)測(cè)，蛋白質(zhì)翻譯后修飾的識(shí)別，單細(xì)胞數(shù)據(jù)的分析，還有植物、微生物和癌癥的計(jì)算機(jī)模擬研究，以及生物信息系統(tǒng)。他的蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)工作獲得2001 年R&D 100大獎(jiǎng)。
許東教授目前已發(fā)表400多篇論文，他是美國科學(xué)促進(jìn)會(huì)（AAAS）會(huì)士和美國醫(yī)學(xué)和生物工程研究院（AIMBE）會(huì)士。
張陽，密歇根大學(xué)教授，I-TASSER算法發(fā)明人
美國密西根大學(xué)計(jì)算醫(yī)學(xué)與生物信息學(xué)系以及生物化學(xué)系終身教授。在蛋白質(zhì)折疊和結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)、蛋白質(zhì)設(shè)計(jì)、以及功能注解等方向開展了一系列開拓性的研究，并產(chǎn)生了重要的國際影響。
I-TASSER算法發(fā)明人（該算法連續(xù)八屆國際蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)CASP大賽自動(dòng)組均名列第一，在生物信息及生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用）。主持與完成NIH百萬美元以上級(jí)項(xiàng)目研究課題10余項(xiàng)。
曾獲得DeLano獎(jiǎng)，Sloan獎(jiǎng)、NSF早期生涯獎(jiǎng)、以及密西根大學(xué)基礎(chǔ)科學(xué)獎(jiǎng)等獎(jiǎng)項(xiàng)；擔(dān)任Journal of Structural Biology等8種國際期刊的編委。在Nature Methods，PNAS等著名期刊上發(fā)表論文200多篇，被國際同行引用三萬余次，連續(xù)四年入選湯森路透（Thomson Reuters）全球高被引科學(xué)家。
許錦波，芝加哥豐田技術(shù)研究所教授，斯隆獎(jiǎng)得主
美國芝加哥豐田計(jì)算技術(shù)研究所教授，《生物信息學(xué)》以及《計(jì)算生物學(xué)》編委；就讀于中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)計(jì)算機(jī)系，中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所和加拿大滑鐵盧大學(xué)，以及在美國麻省理工學(xué)院數(shù)學(xué)系和人工智能實(shí)驗(yàn)室接受博士后訓(xùn)練。
許博士的研究興趣包括人工智能和機(jī)器學(xué)習(xí)，優(yōu)化算法和計(jì)算生物學(xué)。他于2016年證明了深度殘差卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)可以大大提高蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的性能，引導(dǎo)了深度學(xué)習(xí)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)領(lǐng)域的第一次變革。
許博士獲得了美國斯隆研究獎(jiǎng)，美國自然科學(xué)基金早期職業(yè)獎(jiǎng)，《PLoS Computational Biology》創(chuàng)新突破獎(jiǎng)，國際計(jì)算生物學(xué)頂級(jí)會(huì)議RECOMB的最佳論文獎(jiǎng)和時(shí)間考驗(yàn) (Test-of-Time) 獎(jiǎng)；曾多次接受英美雜志如《紐約時(shí)報(bào)》、《經(jīng)濟(jì)學(xué)人》、《財(cái)富》、《自然》和《科學(xué)》的采訪。
許東、許錦波、張陽（攝于2010年CASP比賽期間）
主題：權(quán)威專家談 AlphaFold：DeepMind 到底突破了什么？
時(shí)間：12月8日，上午9:30-11:00
主辦單位：圖像計(jì)算與數(shù)字醫(yī)學(xué)國際研討會(huì)（ISICDM）
協(xié)辦單位：雷鋒網(wǎng)、醫(yī)健AI掘金志
關(guān)注《醫(yī)健AI掘金志》，回復(fù)關(guān)鍵詞“蛋白質(zhì)”，即可加入微信群，觀看此次線上論壇，同時(shí)實(shí)時(shí)交流與提問。
（業(yè)內(nèi)首批AI+蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)【資深研究者討論群】）
圖像計(jì)算與數(shù)字醫(yī)學(xué)國際研討會(huì)（ISICDM）自2017年創(chuàng)辦以來，一直是醫(yī)工交叉的前沿陣地，圍繞圖像計(jì)算和數(shù)字醫(yī)學(xué)中的一些重要的理論、算法與應(yīng)用問題進(jìn)行學(xué)術(shù)討論，旨在促進(jìn)電子信息（包括計(jì)算機(jī)、自動(dòng)化與生物醫(yī)學(xué)工程）、數(shù)學(xué)和醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域?qū)W者的交流與合作。
據(jù)雷鋒網(wǎng)了解，截止至今，ISICDM共邀請(qǐng)到400余位大會(huì)報(bào)告及專題報(bào)告嘉賓，其中包括中、美、英、加等多個(gè)國家的的科學(xué)院/工程院院士，ACM、IEEE、AIMBE等學(xué)會(huì)Fellow，CVPR、ICCV、MICCAI大會(huì)主席，以及MRI、Medical Image analysis、IEEE TBME、IEEE TIP主編和TPAMI、IJCV、IEEE TIP、IEEE TMI副主編。
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