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英偉達(dá)與華大基因合作,使用 CUDA 進(jìn)行全基因組測序

本文作者: 李雨晨 2019-12-19 00:21
導(dǎo)語:發(fā)布會現(xiàn)場,黃仁勛關(guān)注的另一個領(lǐng)域是生物領(lǐng)域,特別是全基因組測序,通過整個基因序列,基因組測序可以檢測由遺傳性疾病引起的DNA突變,包括相關(guān)癌癥擴散的可能性和疾

英偉達(dá)與華大基因合作,使用 CUDA 進(jìn)行全基因組測序

雷鋒網(wǎng)消息,12月18日,GTC 2019大會在蘇州舉行。在長達(dá)兩個小時的大會上,英偉達(dá)CEO黃仁勛帶來了AI框架、開發(fā)工具、數(shù)據(jù)科學(xué)、云計算、實時渲染以及 5G 等等方面的新動作。而在垂直領(lǐng)域,黃仁勛則表示,從運輸、醫(yī)療、金融到零售,各行各業(yè)都在爭相利用AI的自動化能力。

今年,英偉達(dá)為CUDA增加了兩個新的主流應(yīng)用——5G vRAN和基因組處理,基因組行業(yè)的華大基因?qū)?yīng)用實現(xiàn)了支持。

據(jù)雷鋒網(wǎng)了解,華大基因的生命科學(xué)超級計算機以每天60個基因組的吞吐量,改變了全基因組測序(WGS:Whole Genome Sequencing),并同時降低了成本。

全基因組測序會分析整個基因序列,可以檢測由遺傳性疾病引起的DNA突變,突變導(dǎo)致的癌癥擴散,或是追蹤基因突變引發(fā)疾病的機制。

同時這項技術(shù)也用于研究畜牧業(yè)、農(nóng)特和導(dǎo)致疾病的微生物。

但是,如何解決大數(shù)據(jù)存取能力以及計算能力不足等瓶頸問題,是基因組學(xué)研究和應(yīng)用面臨的一大難題?;蚪M處理流程在行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)中被稱為GATK,這一過程可根據(jù)參考繪制DNA短鏈,以重建基因組并找出變異,屬于計算密集型任務(wù)。

英偉達(dá)與華大基因合作,使用 CUDA 進(jìn)行全基因組測序

現(xiàn)場,黃仁勛發(fā)布NVIDIA Parabricks基因組分析工具包,Parabricks是一個基于CUDA加速的基因組處理工具包,可以用于發(fā)現(xiàn)變異,并能產(chǎn)生與GATK最佳實踐流程一致的結(jié)果,實現(xiàn)30-50倍的加速。

Parabricks提供了DeepVariant工具,利用深度學(xué)習(xí)技術(shù)進(jìn)行基因變異檢測?,F(xiàn)在,華大基因就采用了Parabricks。借助若干GPU服務(wù)器,華大基因可以按照測序儀生成數(shù)據(jù)的速率來處理基因組。

當(dāng)然,除了發(fā)布會上推出的工具包,2018年11月,英偉達(dá)還推出了專門針對醫(yī)療影像的超算平臺Clara,讓開發(fā)人員通過開發(fā)各種應(yīng)用程序來處理現(xiàn)有數(shù)據(jù) 。但是,在今天的發(fā)布會上,黃仁勛并沒有現(xiàn)場展示CLARA的相關(guān)內(nèi)容。

對此,在接受采訪時,黃仁勛開玩笑說,發(fā)布會只有短短的兩個小時,他無法將所有的東西都展示出來。但是他特別提及了聯(lián)邦學(xué)習(xí),他表示,很多公司都希望利用這種方法去解決數(shù)據(jù)隱私問題?!笆聦嵣?,上午我們展示聯(lián)邦學(xué)習(xí)技術(shù)在自動駕駛上的應(yīng)用,在醫(yī)學(xué)影像上也是共通的。英偉達(dá)提供的 Drive Federated Server Global Model 可以提供給每個 OEM 廠商使用,結(jié)合各自的數(shù)據(jù),幫助各個廠商提升彼此的模型。”

此前,英偉達(dá)醫(yī)療副總裁Kimberly Powell曾向雷鋒網(wǎng)表示,醫(yī)療領(lǐng)域是英偉達(dá)規(guī)模最大、也是最為成熟的一個領(lǐng)域。而英偉達(dá)更多的是扮演一個“賦能者”的角色,為整個AI生態(tài)系統(tǒng)打造了一個完善的開發(fā)工具,幫助創(chuàng)業(yè)公司更好地執(zhí)行醫(yī)療AI的應(yīng)用。

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