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騰訊優(yōu)圖開源業(yè)界首個3D醫(yī)療影像大數(shù)據(jù)預訓練模型MedicalNet

本文作者: AI研習社 編輯:汪思穎 2019-08-08 15:52
導語:聚集多個來自不同 3D 醫(yī)療領域的語義分割小規(guī)模數(shù)據(jù)集,并提出了基于多分支解碼器的多域聯(lián)合訓練模型來解決數(shù)據(jù)集中的標注缺失問題。

雷鋒網(wǎng) AI 開發(fā)者按:近日,騰訊優(yōu)圖首個醫(yī)療 AI 深度學習預訓練模型 MedicalNet (https://github.com/Tencent/MedicalNet)正式對外開源,這也是全球第一個提供多種 3D 醫(yī)療影像專用預訓練模型的項目。

MedicalNet具備以下特性:

  1. MedicalNet 提供的預訓練網(wǎng)絡可遷移到任何 3D 醫(yī)療影像的 AI 應用中,包括但不限于分割、檢測、分類等任務;

  2. 尤其適用小數(shù)據(jù)醫(yī)療影像 AI 場景,能加快網(wǎng)絡收斂,提升網(wǎng)絡性能;

  3. 通過簡單配置少量接口參數(shù)值,即可進行微調訓練;

  4. 項目提供多卡訓練以及測試評估代碼,接口豐富,擴展性強;

  5. 提供不同深度 3D ResNet 預訓練模型,可供不同數(shù)據(jù)量級應用使用。

為了產(chǎn)生 3D 醫(yī)療影像的預訓練模型,MedicalNet 聚集多個來自不同 3D 醫(yī)療領域的語義分割小規(guī)模數(shù)據(jù)集,并提出了基于多分支解碼器的多域聯(lián)合訓練模型來解決數(shù)據(jù)集中的標注缺失問題。

整個系統(tǒng)的工作流程如下圖所示:

騰訊優(yōu)圖開源業(yè)界首個3D醫(yī)療影像大數(shù)據(jù)預訓練模型MedicalNet

騰訊團隊將 MedicalNet 模型遷移到預訓練時未接觸過的 Visceral 和 LIDC 數(shù)據(jù)集中,完成全新的肺部分割和肺結節(jié)分類任務,并與目前常用的從零訓練(train from scratch)以及 Kinetics 視頻 3D 預訓練模型在性能以及收斂速度上做了比較。

在肺部分割應用上,相比于 Train from Scratch,MedicalNet 在 Dice 上有 16% 到 33% 幅度的提升,相比于 Kinetics 有 4% 到 7% 幅度的提升。在肺結節(jié)良惡性分類應用上,相比于 Train from Scratch,MedicalNet 有 6% 到 23% 幅度的預測正確率(Acc)提升,相比于 Kinetics 有 7% 到 20% 幅度的提升。

在收斂速度上,實驗證明,無論是在肺分割任務還是肺結節(jié)分類任務上,MedicalNet 均能為模型提供一個較低的初始化損失值,明顯加快損失下降速度,下圖為 MedicalNet 性能的一個簡單示例,展示了在全器官分割應用中,不同預訓練方式在一定訓練迭代次數(shù)下的測試結果。可以看出,基于騰訊預訓練模型(MedicalNet)的結果最接近標簽(ground truth),且遠優(yōu)于從零訓練(train from scratch)的結果。

騰訊優(yōu)圖開源業(yè)界首個3D醫(yī)療影像大數(shù)據(jù)預訓練模型MedicalNet

更多細節(jié)請參考論文:Transfer Learning for 3D Medical Image Analysis(arXiv preprint arXiv:1904.00625 (2019).

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騰訊優(yōu)圖開源業(yè)界首個3D醫(yī)療影像大數(shù)據(jù)預訓練模型MedicalNet

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